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sunny0819新蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
MLST分析大神 已有1人參與
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已測(cè)序完，想要和MLST官網(wǎng)上序列進(jìn)行比對(duì)確定ST分型，可是要怎么比對(duì)，百度了好多，都沒(méi)有詳細(xì)的步驟，進(jìn)入MLST官網(wǎng)發(fā)現(xiàn)數(shù)據(jù)分析那塊網(wǎng)頁(yè)打不開(kāi)呢，是在那里分析嗎？還是我找錯(cuò)了，金幣不多，做過(guò)的麻煩解答下吧�。�！跪謝！��！ 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
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solomon7811
新蟲(chóng) (小有名氣)
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- 專(zhuān)業(yè): 傳染病流行病學(xué)
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不同的菌可能在不同的網(wǎng)站。有些網(wǎng)站以前接收MLST，現(xiàn)在可能不接收了，比如大腸桿菌有兩個(gè)網(wǎng)站，其中一個(gè)改為接受NGS了。 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
6樓2016-05-12 06:29:06
binge920612
新蟲(chóng) (初入文壇)
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西門(mén)吹雪170: 金幣+3, 鼓勵(lì)回帖交流 2016-05-12 08:14:31
西門(mén)吹雪170: 金幣+3, 鼓勵(lì)回帖交流 2016-05-12 08:14:31
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我也是剛剛學(xué)會(huì)，敘述不對(duì)的地方請(qǐng)諒解。 下面已單增李斯特菌為例： 1、將測(cè)序完的堿基序列復(fù)制到次網(wǎng)站窗口中http://bigsdb.web.pasteur.fr/perl/bigsdb/bigsdb.pl?db=pubmlst_listeria_seqdef_public&page=sequenceQuery，選擇位點(diǎn)，然后提交。 2、將所有看家引物提交結(jié)果輸入此網(wǎng)站中http://bigsdb.web.pasteur.fr/perl/bigsdb/bigsdb.pl?db=pubmlst_listeria_seqdef_public&page=sequenceQuery，提交得到MLST型。 3、在這里http://bigsdb.web.pasteur.fr/選擇你要測(cè)定的菌。進(jìn)入后點(diǎn)Sequences and profiles database 下的[Public] ，點(diǎn)Sequence query - query an allele sequence.進(jìn)入上面的1，點(diǎn)Search profiles進(jìn)入2,。 知道的就這些了。 |
2樓2016-04-21 17:34:12
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
西門(mén)吹雪170: 金幣+3, 鼓勵(lì)回帖交流 2016-05-12 08:15:38
西門(mén)吹雪170: 金幣+3, 鼓勵(lì)回帖交流 2016-05-12 08:15:38
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你先找到你的菌的marker gene都有哪些（比如有的菌用的除了16s rRNA還有g(shù)dp什么的） 具體的你可以去MLST王章上找 應(yīng)該有說(shuō)一些reference marker 其次這些marker的基因長(zhǎng)度是需要跟mlst網(wǎng)站里的一樣的，比如有的基因他網(wǎng)站的reference長(zhǎng)度是100，但是我們手頭的這個(gè)基因由于一些原因（比如注釋?zhuān)┛赡苁?35或者別的 這種情況需要先Blast把手頭基因處理成100 把他要求的marker按照同樣長(zhǎng)度輸進(jìn)去就出來(lái)了 #大概去年用過(guò)，也出過(guò)類(lèi)似問(wèn)題，是這么解決的# |
3樓2016-05-02 17:00:34
sunny0819
新蟲(chóng) (小有名氣)
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5樓2016-05-11 12:51:37
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