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小木蟲論壇-學術(shù)科研互動平臺 » 生物醫(yī)藥區(qū) » 分子生物 » 生物信息 » MLST分析大神
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sunny0819新蟲 (小有名氣)
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[求助]
MLST分析大神 已有1人參與
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已測序完，想要和MLST官網(wǎng)上序列進行比對確定ST分型，可是要怎么比對，百度了好多，都沒有詳細的步驟，進入MLST官網(wǎng)發(fā)現(xiàn)數(shù)據(jù)分析那塊網(wǎng)頁打不開呢，是在那里分析嗎？還是我找錯了，金幣不多，做過的麻煩解答下吧�。�！跪謝�。�！ 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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【答案】應助回帖
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西門吹雪170: 金幣+3, 鼓勵回帖交流 2016-05-12 08:15:38
西門吹雪170: 金幣+3, 鼓勵回帖交流 2016-05-12 08:15:38
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你先找到你的菌的marker gene都有哪些（比如有的菌用的除了16s rRNA還有g(shù)dp什么的） 具體的你可以去MLST王章上找 應該有說一些reference marker 其次這些marker的基因長度是需要跟mlst網(wǎng)站里的一樣的，比如有的基因他網(wǎng)站的reference長度是100，但是我們手頭的這個基因由于一些原因（比如注釋）可能是135或者別的 這種情況需要先Blast把手頭基因處理成100 把他要求的marker按照同樣長度輸進去就出來了 #大概去年用過，也出過類似問題，是這么解決的# |
3樓2016-05-02 17:00:34
binge920612
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西門吹雪170: 金幣+3, 鼓勵回帖交流 2016-05-12 08:14:31
西門吹雪170: 金幣+3, 鼓勵回帖交流 2016-05-12 08:14:31
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我也是剛剛學會，敘述不對的地方請諒解。 下面已單增李斯特菌為例： 1、將測序完的堿基序列復制到次網(wǎng)站窗口中http://bigsdb.web.pasteur.fr/perl/bigsdb/bigsdb.pl?db=pubmlst_listeria_seqdef_public&page=sequenceQuery，選擇位點，然后提交。 2、將所有看家引物提交結(jié)果輸入此網(wǎng)站中http://bigsdb.web.pasteur.fr/perl/bigsdb/bigsdb.pl?db=pubmlst_listeria_seqdef_public&page=sequenceQuery，提交得到MLST型。 3、在這里http://bigsdb.web.pasteur.fr/選擇你要測定的菌。進入后點Sequences and profiles database 下的[Public] ，點Sequence query - query an allele sequence.進入上面的1，點Search profiles進入2,。 知道的就這些了。 |
2樓2016-04-21 17:34:12
sunny0819
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5樓2016-05-11 12:51:37
solomon7811
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- 專業(yè): 傳染病流行病學
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不同的菌可能在不同的網(wǎng)站。有些網(wǎng)站以前接收MLST，現(xiàn)在可能不接收了，比如大腸桿菌有兩個網(wǎng)站，其中一個改為接受NGS了。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
6樓2016-05-12 06:29:06
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