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MS計算混合物中不同組分的RDF
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蟲友們好， 目前正在用MD計算一混合物中兩組分間的RDF關(guān)系。 系統(tǒng)如下：用Amorphous cell建立一盒子，其中有A和B分子，A分子為CxHyOz，B分子為CaHbNc，均為大分子，原子數(shù)較多，按一定比例混合。 在得到的結(jié)構(gòu)中跑1ns的NVT。 然后選中A的所有原子為Set 1， B的所有原子為Set 2， 用Forcite的RDF模塊計算如下圖所示。 想請教下： （1）能不能這樣設(shè)置Set，是選取其中所有的同一個原子，比如O或者N，作為一個Set，還是可以和我這樣，選去A或者B中所有的原子作為一個Set？ （2）選取A中所有的原子為一個Set后，計算RDF的算法是什么，是所有原子的平均還是質(zhì)心？也就是說，我還需要設(shè)定A分子或者B分子的質(zhì)心作為Set重新計算嗎？ （3）如果我想分子A分子的聚集現(xiàn)象，此時Set 選項卡我都選擇的是Set1 and Set 1，能否選用Include intra/intermolecular components？ 我發(fā)現(xiàn)如果不選，就如下圖1所示，貌似1.2A 左右的峰顯示的是鍵長吧，應(yīng)該不對？ 如果我選了Include intra/intermolecular components， 之后選擇inter 的圖像，就如圖2 所示了. 這個還算是自聚集現(xiàn)象嗎？ Intra/inter molecular到底是什么意思，哪個是用來分析自聚集的呢？ 謝謝大家的指導(dǎo)~ Fig.1 Total RDF for Set 1-Set 1 Fig. 2 Inter RDF for Set 1-Set 1 |
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