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北京石油化工學(xué)院2026年研究生招生接收調(diào)劑公告

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[交流] MS計(jì)算混合物中不同組分的RDF

蟲友們好，

目前正在用MD計(jì)算一混合物中兩組分間的RDF關(guān)系。

系統(tǒng)如下：用Amorphous cell建立一盒子，其中有A和B分子，A分子為CxHyOz，B分子為CaHbNc，均為大分子，原子數(shù)較多，按一定比例混合。

在得到的結(jié)構(gòu)中跑1ns的NVT。

然后選中A的所有原子為Set 1， B的所有原子為Set 2，用Forcite的RDF模塊計(jì)算如下圖所示。

想請(qǐng)教下：
（1）能不能這樣設(shè)置Set，是選取其中所有的同一個(gè)原子，比如O或者N，作為一個(gè)Set，還是可以和我這樣，選去A或者B中所有的原子作為一個(gè)Set？
（2）選取A中所有的原子為一個(gè)Set后，計(jì)算RDF的算法是什么，是所有原子的平均還是質(zhì)心？也就是說，我還需要設(shè)定A分子或者B分子的質(zhì)心作為Set重新計(jì)算嗎？
（3）如果我想分子A分子的聚集現(xiàn)象，此時(shí)Set 選項(xiàng)卡我都選擇的是Set1 and Set 1，能否選用Include intra/intermolecular components？
      我發(fā)現(xiàn)如果不選，就如下圖1所示，貌似1.2A 左右的峰顯示的是鍵長吧，應(yīng)該不對(duì)？
      如果我選了Include intra/intermolecular components，之后選擇inter 的圖像，就如圖2 所示了. 這個(gè)還算是自聚集現(xiàn)象嗎？
      Intra/inter molecular到底是什么意思，哪個(gè)是用來分析自聚集的呢？

謝謝大家的指導(dǎo)~

Fig.1 Total RDF for Set 1-Set 1

Fig. 2 Inter RDF for Set 1-Set 1

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1樓 2016-04-07 23:24:44

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34樓: Originally posted by 誠敬謙和023 at 2019-07-06 19:06:42
請(qǐng)問下樓主，這個(gè) 參考原子默認(rèn)就是 center of mass 嗎？還是需要手動(dòng)設(shè)置呀？需要我們自己設(shè)置的話，樓主可否指點(diǎn)一二或者發(fā)個(gè)教程呢？...

默認(rèn)的不是center of mass。
com需要自己去設(shè)置的。
選中所有原子，軟件可以計(jì)算出com的，選中com就可以

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35樓2019-07-24 15:34:04

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35樓: Originally posted by I遠(yuǎn)方O at 2019-07-24 15:34:04
默認(rèn)的不是center of mass。
com需要自己去設(shè)置的。
選中所有原子，軟件可以計(jì)算出com的，選中com就可以...

多謝，已經(jīng)解決。但是現(xiàn)在我做出的曲線一點(diǎn)都不光滑，我是設(shè)置COM為SET1, 另外一個(gè)粒子為SET2，直接計(jì)算的RDF，是這樣的嗎？

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36樓2019-08-15 12:36:41

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8樓2016-04-08 05:35:33

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想問一下樓主，為什么我用做的RDF曲線都不光滑，您這曲線有經(jīng)過后續(xù)處理嗎？還是RDF直接算出來的。分子數(shù)量有多少？

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29樓2016-10-25 22:30:46

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29樓: Originally posted by hkyg at 2016-10-25 22:30:46
想問一下樓主，為什么我用做的RDF曲線都不光滑，您這曲線有經(jīng)過后續(xù)處理嗎？還是RDF直接算出來的。分子數(shù)量有多少？

直接算的，沒有任何處理~
不過我的set包含的原子較多，我覺得應(yīng)該有center of mass作為set

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誠敬謙和023

30樓2016-10-27 09:34:53

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我也想知道，一起學(xué)習(xí)下

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31樓2017-04-05 17:37:02

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小該比

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做RDF的時(shí)候 set只能選擇原子嘛？選擇分子它就會(huì)提示沒有工作的粒子，請(qǐng)問樓主是怎么做的啊

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32樓2017-06-26 17:45:45

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SuperPeter

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您好你的圖像是自己畫的嗎怎么那么光滑

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33樓2018-07-14 09:28:47

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30樓: Originally posted by I遠(yuǎn)方O at 2016-10-27 09:34:53
直接算的，沒有任何處理~
不過我的set包含的原子較多，我覺得應(yīng)該有center of mass作為set...

請(qǐng)問下樓主，這個(gè) 參考原子默認(rèn)就是 center of mass 嗎？還是需要手動(dòng)設(shè)置呀？需要我們自己設(shè)置的話，樓主可否指點(diǎn)一二或者發(fā)個(gè)教程呢？

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34樓2019-07-06 19:06:42

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lzcdoudou

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30樓: Originally posted by I遠(yuǎn)方O at 2016-10-27 09:34:53
直接算的，沒有任何處理~
不過我的set包含的原子較多，我覺得應(yīng)該有center of mass作為set...

樓主，請(qǐng)問一下如何同時(shí)創(chuàng)建多個(gè)分子基團(tuán)的質(zhì)心

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37樓2020-02-13 18:43:28

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傲傲的

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樓主想請(qǐng)問下，center of mass 這個(gè)質(zhì)心應(yīng)該如何計(jì)算或者設(shè)置啊

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38樓2020-04-21 01:07:26

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36樓: Originally posted by 誠敬謙和023 at 2019-08-15 12:36:41
多謝，已經(jīng)解決。但是現(xiàn)在我做出的曲線一點(diǎn)都不光滑，我是設(shè)置COM為SET1, 另外一個(gè)粒子為SET2，直接計(jì)算的RDF，是這樣的嗎？...

想請(qǐng)教下center of mass 應(yīng)該如何計(jì)算和設(shè)置啊，謝謝啦

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39樓2020-04-21 01:08:05

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