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chuntao118新蟲 (著名寫手)
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[求助]
烷烴分子在MD模擬中的初始速度和模擬的時(shí)間步長怎么給定,，最好舉例說明一下！ 已有1人參與
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| 烷烴分子在MD模擬中的初始速度和模擬的時(shí)間步長怎么給定,，最好以正己烷為例講解一下！謝謝！或者提供一下具體的資料。 |
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kong小夫子
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MS新手一枚，最近在做一些烷烴的md模擬。在ms里分子的初始速度應(yīng)該是軟件自己完成的，不需要自己設(shè)定。模擬的步長盡量要短，我一般用默認(rèn)值1fs，因?yàn)閷τ诜肿觿?dòng)力學(xué)模擬，過大的步長往往不能模擬出真實(shí)的分子運(yùn)動(dòng)狀態(tài)，有可能模擬失敗。對于其他需要自己編程的商業(yè)軟件，初始速度參照麥克斯韋-波爾茲曼分布，可以看一看熱力學(xué)，統(tǒng)計(jì)力學(xué)，計(jì)算材料學(xué)之類的書籍，上邊有詳細(xì)的公式 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
2樓2016-04-22 11:28:26
ninitongtong
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【答案】應(yīng)助回帖
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chuntao118: 金幣+10, ★有幫助 2016-06-09 21:09:43
chuntao118: 金幣+10, ★有幫助 2016-06-09 21:09:43
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這個(gè)是根據(jù)化學(xué)鍵的振動(dòng)頻率設(shè)定的。烷烴中C-H鍵的震動(dòng)頻率最快，運(yùn)動(dòng)補(bǔ)償步長應(yīng)設(shè)定為其運(yùn)動(dòng)時(shí)間的十分之一，也就是在1fs，這樣的結(jié)果才準(zhǔn)確！MS7.0一般時(shí)間就是1.0，好像在MS8.0中才可以設(shè)為4.0fs 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
3樓2016-04-25 15:37:34
q643981467
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4樓2019-09-08 09:49:21
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