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chuntao118新蟲 (著名寫手)
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[求助]
烷烴分子在MD模擬中的初始速度和模擬的時間步長怎么給定,，最好舉例說明一下！ 已有1人參與
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| 烷烴分子在MD模擬中的初始速度和模擬的時間步長怎么給定,，最好以正己烷為例講解一下！謝謝！或者提供一下具體的資料。 |
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MS新手一枚，最近在做一些烷烴的md模擬。在ms里分子的初始速度應該是軟件自己完成的，不需要自己設定。模擬的步長盡量要短，我一般用默認值1fs，因為對于分子動力學模擬，過大的步長往往不能模擬出真實的分子運動狀態(tài)，有可能模擬失敗。對于其他需要自己編程的商業(yè)軟件，初始速度參照麥克斯韋-波爾茲曼分布，可以看一看熱力學，統(tǒng)計力學，計算材料學之類的書籍，上邊有詳細的公式 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
2樓2016-04-22 11:28:26
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【答案】應助回帖
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chuntao118: 金幣+10, ★有幫助 2016-06-09 21:09:43
chuntao118: 金幣+10, ★有幫助 2016-06-09 21:09:43
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這個是根據(jù)化學鍵的振動頻率設定的。烷烴中C-H鍵的震動頻率最快，運動補償步長應設定為其運動時間的十分之一，也就是在1fs，這樣的結果才準確！MS7.0一般時間就是1.0，好像在MS8.0中才可以設為4.0fs 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
3樓2016-04-25 15:37:34
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