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chuntao118新蟲 (著名寫手)
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[求助]
烷烴分子在MD模擬中的初始速度和模擬的時間步長怎么給定,,最好舉例說明一下! 已有1人參與
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| 烷烴分子在MD模擬中的初始速度和模擬的時間步長怎么給定,,最好以正己烷為例講解一下!謝謝!或者提供一下具體的資料。 |
新蟲 (小有名氣)
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這個是根據(jù)化學(xué)鍵的振動頻率設(shè)定的。烷烴中C-H鍵的震動頻率最快,運(yùn)動補(bǔ)償步長應(yīng)設(shè)定為其運(yùn)動時間的十分之一,也就是在1fs,這樣的結(jié)果才準(zhǔn)確!MS7.0一般時間就是1.0,好像在MS8.0中才可以設(shè)為4.0fs 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
新蟲 (初入文壇)
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MS新手一枚,最近在做一些烷烴的md模擬。在ms里分子的初始速度應(yīng)該是軟件自己完成的,不需要自己設(shè)定。模擬的步長盡量要短,我一般用默認(rèn)值1fs,因?yàn)閷τ诜肿觿恿W(xué)模擬,過大的步長往往不能模擬出真實(shí)的分子運(yùn)動狀態(tài),有可能模擬失敗。對于其他需要自己編程的商業(yè)軟件,初始速度參照麥克斯韋-波爾茲曼分布,可以看一看熱力學(xué),統(tǒng)計(jì)力學(xué),計(jì)算材料學(xué)之類的書籍,上邊有詳細(xì)的公式 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
新蟲 (小有名氣)
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