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xujingyuanxu銅蟲 (正式寫手)
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[求助]
請問關(guān)于實時熒光定量pcr實驗中重復(fù)次數(shù)的問題
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想向各位朋友們請教一下,在發(fā)文章時,基因表達的這一部分用rtqpcr做的話是不是每個樣品最少三個生物學重復(fù)?每個生物學重復(fù)要做4-6個重復(fù)孔么? 其次,是不是要測的每個基因都要做一次標曲。恐x謝 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |

銀蟲 (小有名氣)
金蟲 (正式寫手)
琴美喜歡發(fā)呆 不喜歡發(fā)脾氣
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.................嗯 對于qRT-PCR來說,每次一個反應(yīng)必須有三個技術(shù)重復(fù),這是絕對不能少的。 一般做處理,需要有生物學重復(fù),我們一般是兩個 至于實驗重復(fù),一般要求三次,看情況來做 不管你怎么做,Mean+/-SD (SD都應(yīng)該代表的是生物學重復(fù),而不能用技術(shù)重復(fù)來糊弄) 如果你實驗重復(fù)較好,可以酌情做實驗重復(fù)間的Mean+/-SEM 但如果實驗重復(fù)之間趨勢一致,但基因受調(diào)控的程度波動太大,建議圖做成一次實驗重復(fù)內(nèi)的生物學重復(fù)間的Mean+/-SD,然后注明"進行了三次實驗,得到相似結(jié)果,放入的實驗結(jié)果為代表性的........"類似話語 個人意見,如有說錯,請指正 |

銅蟲 (正式寫手)
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謝謝你的解答!我在看文獻時,別人在圖注中寫明了是3個生物學重復(fù),可是沒注意到過有寫實驗重復(fù)次數(shù)的啊,實驗重復(fù)次數(shù)也會有要求么?按你的解答,我是不是可以這樣理解,例如說:一次實驗,培養(yǎng)三份植物,測定一個基因的話就要有(3*3)九次技術(shù)重復(fù),如果再來三次實驗重復(fù)的話就是(3*9)27次了? 還有一個問題想請教:是不是測每個不同基因的表達差異時都要做各自的標曲。 小白求指教 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |

金蟲 (正式寫手)
琴美喜歡發(fā)呆 不喜歡發(fā)脾氣
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一般做處理,檢測基因表達變化的體系,生物學重復(fù)并不等于實驗重復(fù),我們自己的標準是一次實驗重復(fù)內(nèi)包含兩個生物學重復(fù),即處理同樣的東西兩份,也有兩個相應(yīng)的對照。qRT-PCR的技術(shù)重復(fù)只是檢測加樣以及實驗系統(tǒng)的誤差。并不算在真正意義上的與實驗相關(guān)的重復(fù)。所以一般直接取平均值用(除非機械重復(fù)很爛,這時候去掉一個離群值,留另兩個做平均,利用平均值來相互比對,如果三個值分散太大,那說明實驗操作問題,整板實驗結(jié)果就不可信),同理生物學重復(fù)也可以取平均值用,但是會帶有自己的SD,你再做三個實驗重復(fù),就是利用每一次實驗中的三個生物學重復(fù)的平均值相互對比,帶有自己的SEM,所以問題就來了,誤差是可以層層傳遞的(具體我也沒仔細去算過),真正嚴格的實驗結(jié)果去計算顯示出來是非常復(fù)雜的。同樣誤差棒也賊大了。 所以就折中用趨勢來討論。實驗以一次實驗的代表性結(jié)果來表示,Mean代表一次實驗內(nèi)的2~3次生物學重復(fù),+/-SD就可以。 第二個問題,基因表達分析,通常用相對定量(2-delta deltaCt法來算),我們不用標曲。 |

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