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AWANGJIACUO新蟲 (初入文壇)
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[交流]
16s rDNA菌種鑒定TA克隆后測序引物及比對相關(guān)問題 已有2人參與
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| 各位蟲友,本人最近在做一份16s rDNA菌種鑒定,是腸道微生物提取的DNA,經(jīng)27F和1492R擴增條帶很亮,回收后直接測序峰圖顯示模板不純,故做TA克隆,轉(zhuǎn)化涂板后做菌落PCR顯示大部分為陽性克隆,然后提取相應(yīng)質(zhì)粒進行測序,問題出現(xiàn)了:(1)用M13-47和M13-48測序結(jié)果峰圖是OK的,但用27F和1492R測序的峰圖仍顯示模板不純,我確定挑的是單菌落,問題出在哪了呢;(2)M13-47和M13-48測序結(jié)果拼接后比對的結(jié)果,有個不明白的地方是,比對的參考菌株顯示時是complete genome的partial sequence,而不是16S ribosomal RNA,請問各位大神這是正,F(xiàn)象嗎? |

木蟲 (正式寫手)
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