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AWANGJIACUO新蟲(chóng) (初入文壇)
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[交流]
16s rDNA菌種鑒定TA克隆后測(cè)序引物及比對(duì)相關(guān)問(wèn)題 已有2人參與
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| 各位蟲(chóng)友，本人最近在做一份16s rDNA菌種鑒定，是腸道微生物提取的DNA，經(jīng)27F和1492R擴(kuò)增條帶很亮，回收后直接測(cè)序峰圖顯示模板不純，故做TA克隆，轉(zhuǎn)化涂板后做菌落PCR顯示大部分為陽(yáng)性克隆，然后提取相應(yīng)質(zhì)粒進(jìn)行測(cè)序，問(wèn)題出現(xiàn)了：（1）用M13-47和M13-48測(cè)序結(jié)果峰圖是OK的，但用27F和1492R測(cè)序的峰圖仍顯示模板不純，我確定挑的是單菌落，問(wèn)題出在哪了呢；（2）M13-47和M13-48測(cè)序結(jié)果拼接后比對(duì)的結(jié)果,有個(gè)不明白的地方是，比對(duì)的參考菌株顯示時(shí)是complete genome的partial sequence，而不是16S ribosomal RNA,請(qǐng)問(wèn)各位大神這是正�，F(xiàn)象嗎？ |
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AWANGJIACUO
新蟲(chóng) (初入文壇)
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3樓2016-05-09 22:31:46
yesucao
木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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2樓2016-05-09 19:56:28
★
小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
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那你嘗試用27F和1492R以質(zhì)粒為模板進(jìn)行擴(kuò)增，再以PCR產(chǎn)物測(cè)序看看咯 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
4樓2016-05-11 22:38:57
AWANGJIACUO
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5樓2016-05-12 15:37:04
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