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AWANGJIACUO新蟲 (初入文壇)
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[交流]
16s rDNA菌種鑒定TA克隆后測序引物及比對相關(guān)問題 已有2人參與
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| 各位蟲友，本人最近在做一份16s rDNA菌種鑒定，是腸道微生物提取的DNA，經(jīng)27F和1492R擴(kuò)增條帶很亮，回收后直接測序峰圖顯示模板不純，故做TA克隆，轉(zhuǎn)化涂板后做菌落PCR顯示大部分為陽性克隆，然后提取相應(yīng)質(zhì)粒進(jìn)行測序，問題出現(xiàn)了：（1）用M13-47和M13-48測序結(jié)果峰圖是OK的，但用27F和1492R測序的峰圖仍顯示模板不純，我確定挑的是單菌落，問題出在哪了呢；（2）M13-47和M13-48測序結(jié)果拼接后比對的結(jié)果,有個不明白的地方是，比對的參考菌株顯示時是complete genome的partial sequence，而不是16S ribosomal RNA,請問各位大神這是正�，F(xiàn)象嗎？ |
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
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那你嘗試用27F和1492R以質(zhì)粒為模板進(jìn)行擴(kuò)增，再以PCR產(chǎn)物測序看看咯 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
4樓2016-05-11 22:38:57
yesucao
木蟲 (正式寫手)
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2樓2016-05-09 19:56:28
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5樓2016-05-12 15:37:04
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