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zhangmao511鐵蟲 (小有名氣)
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ABI SOLID測(cè)序平臺(tái)的接頭序列（adapter）有哪些，如何找呢？謝謝
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請(qǐng)教一下，有朋友了解 ABI SOLID測(cè)序平臺(tái)嗎？ 我有一組來自ABI SOLID測(cè)序平臺(tái)的RNA測(cè)序fastq結(jié)果�，F(xiàn)在想進(jìn)行去接頭的處理，但是不知道ABI SOLID的接頭序列是哪些？ 有朋友了解嗎？能提示一下，謝謝��！ |
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ygidtu
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測(cè)序平臺(tái)的官網(wǎng)，是有各種他們用的接頭序列的，你找到那個(gè)文件。然后fastqc看一下最多的那些重復(fù)序列，去跟官網(wǎng)的接頭序列比對(duì)一下，一般能找到。PS:你既然測(cè)了序，直接問測(cè)序公司，他們應(yīng)該會(huì)告訴你才對(duì) 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
2樓2016-06-19 23:42:45
zhangmao511
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3樓2016-06-21 10:53:59
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4樓2016-06-21 10:56:23
ygidtu
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fastqc里有一項(xiàng)是adapter content，你看一下這個(gè)曲線，如果有波動(dòng)代表有接頭，平的為0，就是沒有接頭。一般來說GEO上的數(shù)據(jù)都是去過接頭的，那項(xiàng)內(nèi)容合格就沒有任何問題了 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
5樓2016-06-21 11:49:31
| 祝福 |
6樓2016-06-21 13:27:13
zhangmao511
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7樓2016-06-21 17:09:33
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