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zhangmao511鐵蟲 (小有名氣)
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[求助]
ABI SOLID測序平臺(tái)的接頭序列(adapter)有哪些,如何找呢?謝謝
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請教一下,有朋友了解 ABI SOLID測序平臺(tái)嗎? 我有一組來自ABI SOLID測序平臺(tái)的RNA測序fastq結(jié)果,F(xiàn)在想進(jìn)行去接頭的處理,但是不知道ABI SOLID的接頭序列是哪些? 有朋友了解嗎?能提示一下,謝謝! |
新蟲 (正式寫手)
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測序平臺(tái)的官網(wǎng),是有各種他們用的接頭序列的,你找到那個(gè)文件。然后fastqc看一下最多的那些重復(fù)序列,去跟官網(wǎng)的接頭序列比對一下,一般能找到。PS:你既然測了序,直接問測序公司,他們應(yīng)該會(huì)告訴你才對 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
鐵蟲 (小有名氣)
鐵蟲 (小有名氣)
新蟲 (正式寫手)
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fastqc里有一項(xiàng)是adapter content,你看一下這個(gè)曲線,如果有波動(dòng)代表有接頭,平的為0,就是沒有接頭。一般來說GEO上的數(shù)據(jù)都是去過接頭的,那項(xiàng)內(nèi)容合格就沒有任何問題了 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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鐵蟲 (小有名氣)
新蟲 (正式寫手)
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