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xms0422鐵蟲 (小有名氣)
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[求助]
求助引物設(shè)計(jì)相關(guān)問題 已有3人參與
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| 本人生物學(xué)小白一個(gè)，然而畢業(yè)課題是這方面的，在設(shè)計(jì)引物時(shí)遇到了一些問題，請(qǐng)教各位大神。我需要P一段基因，并將其表達(dá)，是否只能從orf上面一段抄基因設(shè)計(jì)上游引物，從末端往前抄涉及下游引物，為什么在NCBI上設(shè)計(jì)引物會(huì)有在中間段開始的呢？另外，我從ATG往后和TAA往前分別設(shè)計(jì)了一段引物，但是GC含量較低，一條為35%,一條為47%，是否可行？GC含量低導(dǎo)致Tm值也較低，一條為54，一條為56.請(qǐng)教各位大神，這樣設(shè)計(jì)出來的引物是否可行？ |
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
xn8008: 金幣+1, 歡迎發(fā)帖交流 2016-09-16 07:57:05
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
xn8008: 金幣+1, 歡迎發(fā)帖交流 2016-09-16 07:57:05
| Primer design depends on what sequence you need to amplify. The sequence of primer is depending on how to get the results of specific DNA amplification. it is really case to case , you cannot guess why this primer works while mine doesnot . It is really need to see the situation of your gene. Please let me know what is going on. |
2樓2016-09-16 05:31:32
xms0422
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xn8008: 歡迎發(fā)帖交流 2016-09-16 07:57:11
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謝謝，所以您的意思是就是根據(jù)最前面和最后面的基因設(shè)計(jì)的？GC含量等在這個(gè)時(shí)候不能要求太高？ 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
3樓2016-09-16 07:33:43
4樓2016-09-16 08:38:16
xms0422
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5樓2016-09-16 10:35:06
379218862
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6樓2016-09-16 14:31:49
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7樓2016-09-16 17:55:14
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【答案】應(yīng)助回帖
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1.引物設(shè)計(jì)的原則，這個(gè)網(wǎng)址比較全面，你可以參考一下：http://www.bbioo.com/experiment/12-810-1.html 引物序列的GC含量一般為40-60%，所以你的GC含量不符合，你可以將設(shè)計(jì)的引物進(jìn)行編輯，就是改變個(gè)別堿基，使GC含量在40-60% 2.Tm=4（G+C）+2（A+T），所以有效引物的Tm為55~80℃，最好接近72℃以使復(fù)性條件最佳。所以你的Tm值不在合適的范圍。當(dāng)你改變GC的含量時(shí)，Tm 值也會(huì)改變。 3.擴(kuò)增序列應(yīng)該稱為目的基因,目的基因一般都上萬bp,從兩頭開始當(dāng)然不合適. |
8樓2016-09-27 09:47:18
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