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zhiyin8028

金蟲 (初入文壇)

應(yīng)助: 1 (幼兒園)
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蟲號: 611743
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專業(yè): 生物物理、生物化學(xué)與分子

[求助] genebank中18S，26S序列檢索求助

各位蟲友：
大家好！小弟最近在做唇形科lamiaceae植物ITS序列分析，想自己設(shè)計(jì)一對引物，需要查找最好是該科內(nèi)屬種的18S（至少要知道18S結(jié)尾的一二百bp）和26S（至少要知道26S開始的一二百bp）（18S和26S屬于保守序列）序列的部分或全部序列，根據(jù)保守序列設(shè)計(jì)引物，但是在genebank里輸入檢索詞后，有大量的結(jié)果，但不少序列是18S-ITS1-5.8S-ITS2-26S單元的中間部分序列，關(guān)于18S和26S多數(shù)最多幾十bp的片段，而且變化較大（不同文獻(xiàn)對兩段序列長度的界定也有一定差異），無法據(jù)此確定保守序列，如何在genebank里查到唇形科lamiaceae里的相關(guān)屬或今源科屬的18S或26S的complete sequence，或者較長的序列呢？以便根據(jù)相關(guān)序列比對，確定保守序列。自己的檢索水平有限，不知道如何在上完個(gè)檢索結(jié)果中找到自己需要的序列，望塔里的高手給予指導(dǎo)，先謝了！
另外還有兩個(gè)小問題，1能不能在ncbi里直接查找一小段核酸序列？2如何對ncbi（或者某一子庫如genebank）檢索結(jié)果中得到的全文進(jìn)行檢索？

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1樓 2011-10-13 09:38:05

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肖珊

新蟲 (初入文壇)

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【答案】應(yīng)助回帖

★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
li273273(金幣+1): 感謝應(yīng)助交流！ 2011-12-25 11:01:09

1、可以再NCBI上查找一小段核酸序列，使用ncbi上的Entrez可以查找一小段
不過你也可以給這段序列先加上引物再查找
2、對全文進(jìn)行檢索可以說明白點(diǎn)嗎？

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回復(fù)此樓

2樓2011-12-24 15:17:22

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