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zhiyin8028金蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
genebank中18S，26S序列檢索求助
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各位蟲(chóng)友： 大家好！小弟最近在做唇形科lamiaceae植物ITS序列分析，想自己設(shè)計(jì)一對(duì)引物，需要查找最好是該科內(nèi)屬種的18S（至少要知道18S結(jié)尾的一二百bp）和26S（至少要知道26S開(kāi)始的一二百bp）（18S和26S屬于保守序列）序列的部分或全部序列，根據(jù)保守序列設(shè)計(jì)引物，但是在genebank里輸入檢索詞后，有大量的結(jié)果，但不少序列是18S-ITS1-5.8S-ITS2-26S單元的中間部分序列，關(guān)于18S和26S多數(shù)最多幾十bp的片段，而且變化較大（不同文獻(xiàn)對(duì)兩段序列長(zhǎng)度的界定也有一定差異），無(wú)法據(jù)此確定保守序列，如何在genebank里查到唇形科lamiaceae里的相關(guān)屬或今源科屬的18S或26S的complete sequence，或者較長(zhǎng)的序列呢？以便根據(jù)相關(guān)序列比對(duì)，確定保守序列。自己的檢索水平有限，不知道如何在上完個(gè)檢索結(jié)果中找到自己需要的序列，望塔里的高手給予指導(dǎo)，先謝了！ 另外還有兩個(gè)小問(wèn)題，1能不能在ncbi里直接查找一小段核酸序列？2如何對(duì)ncbi（或者某一子庫(kù)如genebank）檢索結(jié)果中得到的全文進(jìn)行檢索？ |
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肖珊
新蟲(chóng) (初入文壇)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
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- 帖子: 6
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- 蟲(chóng)號(hào): 1549947
- 注冊(cè): 2011-12-24
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2樓2011-12-24 15:17:22
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