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Mayday-zxm新蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
求助16S rDNA測(cè)序結(jié)果分析 已有3人參與
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| 本人分子生物學(xué)小白一個(gè)。剛分離出一種細(xì)菌，并送生工進(jìn)行了16S rDNA序列分析。返回的測(cè)序結(jié)果人家給做了正反向拼接。然后我直接在NCBI上黏貼了結(jié)果進(jìn)行了比對(duì)。我想要確定這種細(xì)菌到底是什么，應(yīng)該怎么做。用什么軟件。求詳細(xì)的解說(shuō)過(guò)程。謝謝各位大神。 |
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序列比對(duì)完后，將相似度高的序列下載，用claxtal(可能拼寫的不對(duì))進(jìn)行序列比對(duì)導(dǎo)成aln格式，用mega先進(jìn)行格式轉(zhuǎn)換將aln轉(zhuǎn)成meg格式，然后通過(guò)mega里面的文件打開(kāi)meg格式的文檔，就可以構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)和遺傳距離了，現(xiàn)在聽(tīng)說(shuō)mega可以直接序列比對(duì)生成mega不過(guò)我沒(méi)試過(guò)，你可以自己摸索一下 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
8樓2016-09-28 21:11:55
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| 不同細(xì)菌的16S rRNA是不同的，你放NCBI上BLAST,百分比最高的就是了。 |
2樓2016-09-28 16:52:15
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你要深入研究的話就要做親進(jìn)化分析算遺傳距離，如果只是想大概知道菌的名字就不用 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
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5樓2016-09-28 19:10:26
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新分離的菌還要做形態(tài)學(xué)，生化鑒定，分子方面的鑒定用16s就可以了，和樓上說(shuō)的一樣的 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
3樓2016-09-28 17:22:20
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請(qǐng)問(wèn)我要確定物種這樣就可以嘛？我查了有關(guān)說(shuō)明說(shuō)還要, 運(yùn)用 Clustal_X 軟件多重序列比對(duì)測(cè)得的序列,依據(jù)最大同源性原則,再運(yùn)用 MEGA 軟件包打開(kāi)比對(duì)結(jié)果, 系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)的構(gòu)建在序列對(duì)比的基礎(chǔ)上使用MEGA 4.1軟件的鄰接法構(gòu)建Neighbor-joining系統(tǒng)等等 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
4樓2016-09-28 19:03:21
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既然都粘在了ncbi上，那就用blast比對(duì)唄，得分高的，e值小的應(yīng)該就是了 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
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9樓2016-09-28 23:40:56
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