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木小默1212金蟲 (初入文壇)
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[求助]
蛋白質(zhì)生物信息學(xué)分析 已有1人參與
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我根據(jù)同源克隆得到一段DNA序列,之后將其利用軟件翻譯為相對應(yīng)的蛋白質(zhì)序列,現(xiàn)在想請問除了進(jìn)行一般的進(jìn)化樹構(gòu)建,多序列比對,跨膜結(jié)構(gòu)預(yù)測,糖基化位點(diǎn)預(yù)測,CDD分析,密碼子的分析,二級和三級結(jié)構(gòu)的預(yù)測之外,我現(xiàn)在還有一下問題: 1 除了上述的相關(guān)生物信息學(xué)分析之外,還可以進(jìn)行關(guān)于蛋白質(zhì)或DNA的哪些生物信息學(xué)分析; 2 在進(jìn)行二級結(jié)構(gòu)預(yù)測的時候,如果采用PDBsum這個軟件進(jìn)行二級結(jié)構(gòu)的預(yù)測,是否必須找到與我所得到的蛋白質(zhì)大小相近的蛋白質(zhì)進(jìn)行二級結(jié)構(gòu)預(yù)測;如果找不到與其大小相近的蛋白質(zhì),那么能否用與其大小不同但是具有同源的蛋白質(zhì)進(jìn)行預(yù)測,如果可以,那么得到的二級結(jié)構(gòu)應(yīng)該顯示為與其同源蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu),這樣的結(jié)構(gòu)圖能否放在畢業(yè)論文中用以說明我的目的蛋白呢? 謝謝各位大俠! |
蛋白表達(dá)純化鑒定精華 |
新蟲 (初入文壇)
新蟲 (初入文壇)
金蟲 (初入文壇)
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你好!我二級結(jié)構(gòu)的預(yù)測用的是: 蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預(yù)測(或檢測)(熱烈邀請大家補(bǔ)充) http://bioms.org/forum.php?mod=viewthread&tid=593 (出處: 生物分子模擬論壇) 這里面提供了很多種方法,我試了試其中大部分的方法,你可以自己選擇適合自己的。 三級結(jié)構(gòu)預(yù)測的軟件: 通過PHYRE 2 Protein Fold Recognition Server和倫敦帝國理工學(xué)院3D LigandSite server預(yù)測三級結(jié)構(gòu)及活性中心。 三級結(jié)構(gòu)的預(yù)測我還沒有確定,因?yàn)槲矣行﹥?nèi)容還沒有做完。 |
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