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木小默1212金蟲 (初入文壇)
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[求助]
蛋白質(zhì)生物信息學(xué)分析 已有1人參與
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我根據(jù)同源克隆得到一段DNA序列，之后將其利用軟件翻譯為相對(duì)應(yīng)的蛋白質(zhì)序列，現(xiàn)在想請(qǐng)問除了進(jìn)行一般的進(jìn)化樹構(gòu)建，多序列比對(duì)，跨膜結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)，糖基化位點(diǎn)預(yù)測(cè)，CDD分析，密碼子的分析，二級(jí)和三級(jí)結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)之外，我現(xiàn)在還有一下問題： 1 除了上述的相關(guān)生物信息學(xué)分析之外，還可以進(jìn)行關(guān)于蛋白質(zhì)或DNA的哪些生物信息學(xué)分析； 2 在進(jìn)行二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的時(shí)候，如果采用PDBsum這個(gè)軟件進(jìn)行二級(jí)結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)，是否必須找到與我所得到的蛋白質(zhì)大小相近的蛋白質(zhì)進(jìn)行二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)；如果找不到與其大小相近的蛋白質(zhì)，那么能否用與其大小不同但是具有同源的蛋白質(zhì)進(jìn)行預(yù)測(cè)，如果可以，那么得到的二級(jí)結(jié)構(gòu)應(yīng)該顯示為與其同源蛋白質(zhì)的二級(jí)結(jié)構(gòu)，這樣的結(jié)構(gòu)圖能否放在畢業(yè)論文中用以說明我的目的蛋白呢？ 謝謝各位大俠！ |
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木小默1212
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你好！我二級(jí)結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)用的是： 蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)（或檢測(cè)）（熱烈邀請(qǐng)大家補(bǔ)充） http://bioms.org/forum.php?mod=viewthread&tid=593 (出處: 生物分子模擬論壇) 這里面提供了很多種方法，我試了試其中大部分的方法，你可以自己選擇適合自己的。 三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的軟件： 通過PHYRE 2 Protein Fold Recognition Server和倫敦帝國(guó)理工學(xué)院3D LigandSite server預(yù)測(cè)三級(jí)結(jié)構(gòu)及活性中心。 三級(jí)結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)我還沒有確定，因?yàn)槲矣行﹥?nèi)容還沒有做完。 |
4樓2016-12-01 10:48:39
wywahh
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2樓2016-11-28 19:36:12
yml11
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3樓2016-12-01 08:52:21
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