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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 生物醫(yī)藥區(qū) » 分子生物 » 生物信息 » 蛋白質生物信息學分析
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[求助]
蛋白質生物信息學分析 已有1人參與
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我根據(jù)同源克隆得到一段DNA序列，之后將其利用軟件翻譯為相對應的蛋白質序列，現(xiàn)在想請問除了進行一般的進化樹構建，多序列比對，跨膜結構預測，糖基化位點預測，CDD分析，密碼子的分析，二級和三級結構的預測之外，我現(xiàn)在還有一下問題： 1 除了上述的相關生物信息學分析之外，還可以進行關于蛋白質或DNA的哪些生物信息學分析； 2 在進行二級結構預測的時候，如果采用PDBsum這個軟件進行二級結構的預測，是否必須找到與我所得到的蛋白質大小相近的蛋白質進行二級結構預測；如果找不到與其大小相近的蛋白質，那么能否用與其大小不同但是具有同源的蛋白質進行預測，如果可以，那么得到的二級結構應該顯示為與其同源蛋白質的二級結構，這樣的結構圖能否放在畢業(yè)論文中用以說明我的目的蛋白呢？ 謝謝各位大俠！ |
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3樓2016-12-01 08:52:21
2樓2016-11-28 19:36:12
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你好！我二級結構的預測用的是： 蛋白質二級結構預測（或檢測）（熱烈邀請大家補充） http://bioms.org/forum.php?mod=viewthread&tid=593 (出處: 生物分子模擬論壇) 這里面提供了很多種方法，我試了試其中大部分的方法，你可以自己選擇適合自己的。 三級結構預測的軟件： 通過PHYRE 2 Protein Fold Recognition Server和倫敦帝國理工學院3D LigandSite server預測三級結構及活性中心。 三級結構的預測我還沒有確定，因為我有些內容還沒有做完。 |
4樓2016-12-01 10:48:39
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