 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 7 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1864 | 回復(fù): 6 | |||
jianjunjiang鐵桿木蟲 (正式寫手)
|
[求助]
gromacs運(yùn)算如何對某些水分子實(shí)行位置限制 已有1人參與
|
|
各位大俠： 假設(shè)利用gromacs模擬時共有10個水分子，如果我想對其中的任意幾個水分子（比如說，1，3，4個水分子）實(shí)行位置限制，可以怎樣限制呢？ |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 分子模擬 |
» 猜你喜歡
285化工學(xué)碩求調(diào)劑（081700）
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
求材料調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
本科鄭州大學(xué)物理學(xué)院，一志愿華科070200學(xué)碩，346求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
國自科面上基金字體
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
能源材料化學(xué)課題組招收碩士研究生8-10名
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
材料專碩英一數(shù)二306
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
085600材料與化工調(diào)劑 324分
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
0703化學(xué)調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
0703化學(xué) 305求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
0703化學(xué)調(diào)劑，求各位老師收留
已經(jīng)有10人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 基因測序5年增速500倍！摩爾定律怎么辦？
已經(jīng)有1人回復(fù)
- 國家超級計算深圳中心招聘
已經(jīng)有14人回復(fù)
- 分子模擬時間越長越好嗎？
已經(jīng)有44人回復(fù)
- 【轉(zhuǎn)帖】一些計算化學(xué)相關(guān)的免費(fèi)的在線數(shù)據(jù)庫、分子結(jié)構(gòu)庫及工具
已經(jīng)有109人回復(fù)
wbf3ng
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 116 (高中生)
- 金幣: 2086.3
- 紅花: 8
- 帖子: 255
- 在線: 171.4小時
- 蟲號: 3202097
- 注冊: 2014-05-13
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
jianjunjiang2樓2016-12-10 23:04:33
jianjunjiang
鐵桿木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 4 (幼兒園)
- 金幣: 8680.7
- 散金: 60
- 紅花: 1
- 帖子: 926
- 在線: 250.9小時
- 蟲號: 509147
- 注冊: 2008-02-22
- 性別: GG
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)
3樓2016-12-10 23:07:26
G、sir
木蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 15 (小學(xué)生)
- 金幣: 1808.9
- 散金: 162
- 紅花: 4
- 帖子: 194
- 在線: 135.3小時
- 蟲號: 3081693
- 注冊: 2014-03-23
- 專業(yè): 化工熱力學(xué)和基礎(chǔ)數(shù)據(jù)
4樓2016-12-11 00:14:21
jianjunjiang
鐵桿木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 4 (幼兒園)
- 金幣: 8680.7
- 散金: 60
- 紅花: 1
- 帖子: 926
- 在線: 250.9小時
- 蟲號: 509147
- 注冊: 2008-02-22
- 性別: GG
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)
5樓2016-12-11 18:18:07
LeeGenuine
至尊木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 4 (幼兒園)
- 金幣: 12042.6
- 散金: 296
- 紅花: 6
- 帖子: 598
- 在線: 363.8小時
- 蟲號: 1442294
- 注冊: 2011-10-14
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
jianjunjiang: 金幣+5, ★★★很有幫助, 謝謝您的答復(fù)，這樣貌似還不行，應(yīng)為gromacs里面好像水的settle限制只能使用一次 2016-12-31 21:54:32
jianjunjiang: 金幣+5, ★★★很有幫助, 謝謝您的答復(fù)，這樣貌似還不行，應(yīng)為gromacs里面好像水的settle限制只能使用一次 2016-12-31 21:54:32
| 把這個分子的itp文件copy成兩個，修改一下itp文件的[ moleculetypes ]，比如A和B，分別對應(yīng)A.itp和B.itp。在A.itp文件中添加[ position_restraints ]，B.itp中不添加。這樣處理后，A和B分子是完全一樣的，只是一個位置限定，一個不限定。 最后在top文件中最后的[ molecules ] 上面堆就好了，比如 A 3; B 5; A 1; B 2，就是把第1、2、3、9個分子位置限定了，其他的不限定。 |
6樓2016-12-27 16:58:14
月燈三昧
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1596.8
- 散金: 12
- 帖子: 157
- 在線: 94.8小時
- 蟲號: 2742236
- 注冊: 2013-10-21
- 專業(yè): 化學(xué)工程及工業(yè)化學(xué)
7樓2017-12-17 20:20:12
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 jianjunjiang 的主題更新
| 7 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑，求各位老師收留 +10 | 秋有木北 2026-03-14 | 10/500 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 321求調(diào)劑 +3 | 何潤采123 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 328求調(diào)劑，英語六級551，有科研經(jīng)歷 +3 | 生物工程調(diào)劑 2026-03-16 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 【同濟(jì)軟件】軟件（085405）考研求調(diào)劑 +3 | 2026eternal 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0817 化學(xué)工程 299分求調(diào)劑 有科研經(jīng)歷 有二區(qū)文章 +7 | rare12345 2026-03-18 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 303求調(diào)劑 +4 | 睿08 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 工科材料085601 279求調(diào)劑 +6 | 困于星晨 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 268求調(diào)劑 +6 | 簡單點(diǎn)0 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 材料工程專碩274一志愿211求調(diào)劑 +6 | 薛云鵬 2026-03-15 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 考研調(diào)劑 +3 | 淇ya_~ 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 085600調(diào)劑 +5 | 漾漾123sun 2026-03-12 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 0703 物理化學(xué)調(diào)劑 +3 | 我可以上岸的對?/a> 2026-03-13 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0856求調(diào)劑 +3 | 劉夢微 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 求老師收留調(diào)劑 +4 | jiang姜66 2026-03-14 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 材料與化工求調(diào)劑一志愿 985 總分 295 +8 | dream…… 2026-03-12 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 0856材料與化工301求調(diào)劑 +5 | 奕束光 2026-03-13 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 295求調(diào)劑 +3 | 小匕仔汁 2026-03-12 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 070303一志愿西北大學(xué)學(xué)碩310找調(diào)劑 +3 | d如愿上岸 2026-03-13 | 3/150 |
|
|
|
[考博] 福州大學(xué)楊黃浩課題組招收2026年專業(yè)學(xué)位博士研究生，2026.03.20截止 +3 | Xiangyu_ou 2026-03-12 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 321求調(diào)劑（食品/專碩） +3 | xc321 2026-03-12 | 6/300 |
|