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jianjunjiang鐵桿木蟲 (正式寫手)
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[求助]
gromacs運(yùn)算如何對某些水分子實(shí)行位置限制 已有1人參與
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各位大俠： 假設(shè)利用gromacs模擬時共有10個水分子，如果我想對其中的任意幾個水分子（比如說，1，3，4個水分子）實(shí)行位置限制，可以怎樣限制呢？ |
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jianjunjiang2樓2016-12-10 23:04:33
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4樓2016-12-11 00:14:21
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
jianjunjiang: 金幣+5, ★★★很有幫助, 謝謝您的答復(fù)，這樣貌似還不行，應(yīng)為gromacs里面好像水的settle限制只能使用一次 2016-12-31 21:54:32
jianjunjiang: 金幣+5, ★★★很有幫助, 謝謝您的答復(fù)，這樣貌似還不行，應(yīng)為gromacs里面好像水的settle限制只能使用一次 2016-12-31 21:54:32
| 把這個分子的itp文件copy成兩個，修改一下itp文件的[ moleculetypes ]，比如A和B，分別對應(yīng)A.itp和B.itp。在A.itp文件中添加[ position_restraints ]，B.itp中不添加。這樣處理后，A和B分子是完全一樣的，只是一個位置限定，一個不限定。 最后在top文件中最后的[ molecules ] 上面堆就好了，比如 A 3; B 5; A 1; B 2，就是把第1、2、3、9個分子位置限定了，其他的不限定。 |
6樓2016-12-27 16:58:14
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