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質(zhì)粒測(cè)序結(jié)果不會(huì)分析 已有3人參與
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大四學(xué)生，畢業(yè)論文實(shí)驗(yàn)是提細(xì)菌質(zhì)粒，生科公司發(fā)來(lái)了測(cè)序結(jié)果，沒(méi)有學(xué)過(guò)生物信息學(xué)，所以不會(huì)分析結(jié)果。請(qǐng)問(wèn)各位有沒(méi)有好的學(xué)習(xí)網(wǎng)站或者資料推薦 @biostar2009 @wizardfan @youlinglyw 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
xn8008: MolEPI+1, 給予MolEPI 2017-01-09 09:37:23
xn8008: MolEPI+1, 給予MolEPI 2017-01-09 09:37:23
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分析有幾個(gè)步驟： 1：你得在網(wǎng)上找個(gè)DNAstar裝上，一般我們分析測(cè)序結(jié)果都用這個(gè)軟件。主要是里面的seqman 2：打開公司發(fā)給你的測(cè)序結(jié)果，一般都是壓縮文件，最好用里面的ABI格式的文件，方便看峰圖。 3：如果你有標(biāo)準(zhǔn)序列就把你的便準(zhǔn)序列放到TXT文檔里面，再把測(cè)序結(jié)果和標(biāo)準(zhǔn)序列一起放到seqman比對(duì)，這樣就找到你的側(cè)學(xué)結(jié)果了。 4：看你是質(zhì)粒測(cè)序，要先把載體部分刪掉。這樣比對(duì)文件就做好了。 5：至于分析，最簡(jiǎn)單的你可以把你的目的片段放在NCBI的BLAST中比對(duì)（https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi）；看你的序列是不是你想要的東西，如果是全長(zhǎng)基因也可以先翻譯成蛋白再找。（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/） 6：至于繼續(xù)分析也無(wú)非是看看堿基分布，找找啟動(dòng)子，酶切位點(diǎn)，預(yù)測(cè)下磷酸化位點(diǎn)，翻譯成蛋白甚至做出他的3D結(jié)構(gòu)什么的，不過(guò)對(duì)于一個(gè)大四的來(lái)說(shuō)，沒(méi)必要這么復(fù)雜。你隨便找篇類似的中文文章看看一，分析的類型就都知道了。 |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
欲小岳岳
4樓2017-01-08 09:00:41
小冀-
版主 (著名寫手)
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2樓2017-01-07 20:55:27
3樓2017-01-07 20:57:04
5樓2017-01-08 09:17:31
6樓2017-01-08 09:18:11
sky蒲公英
版主 (文壇精英)
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
| 這兩個(gè)網(wǎng)上的資料可以參考一下。blast相對(duì)而言還是比較簡(jiǎn)單的。 |
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- 附件 2 : 在NCBI上使用BLAST等工具的心得.pdf
2017-01-08 21:29:33, 1.74 M
2017-01-08 21:29:35, 798.31 K
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
7樓2017-01-08 21:30:16
8樓2017-01-08 21:59:39
Nitara
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9樓2017-01-08 22:29:00
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感謝分享 |
10樓2017-01-09 10:10:03
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