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許你安然然新蟲 (初入文壇)
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復合物中的配體是短肽，怎么刪除配體，僅保留受體蛋白呢？ 已有1人參與
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如題，新手，剛剛接觸分子模擬，看過其他帖子配體都是小分子，如果配體也是蛋白應該怎么刪除呢？ 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
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2樓2017-03-23 20:52:14
hclwonder
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一般會是兩條鏈chain，選中多肽那條刪去再保存即可。找個合適的分子顯示軟件比如ds的client或者schrodinger的maestro或者其它軟件。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
3樓2017-03-23 21:54:59
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4樓2017-03-24 19:15:21
hclwonder
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5樓2017-03-24 19:19:28
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在DS里，蛋白晶體數據中的蛋白鏈，水，DNA，配體等都給你分門別類了，你只需要選中相應的配體，刪除就可以了。你不能直接在蛋白圖上選中地段刪除。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
6樓2017-03-24 19:45:45
hclwonder
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【答案】應助回帖
感謝參與，應助指數 +1
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pymol在display菜單可以選擇顯示sequence，在sequence選中不想要的peptide，右鍵remove刪除；如果要去掉水（假如有的話），右側點“A”-“remove waters”即可。 然后file-save molecule，完成。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
7樓2017-03-24 22:42:43
許你安然然
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8樓2017-03-25 11:26:20
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