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許你安然然新蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
復(fù)合物中的配體是短肽，怎么刪除配體，僅保留受體蛋白呢？ 已有1人參與
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如題，新手，剛剛接觸分子模擬，看過(guò)其他帖子配體都是小分子，如果配體也是蛋白應(yīng)該怎么刪除呢？ 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
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hclwonder
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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pymol在display菜單可以選擇顯示sequence，在sequence選中不想要的peptide，右鍵remove刪除；如果要去掉水（假如有的話），右側(cè)點(diǎn)“A”-“remove waters”即可。 然后file-save molecule，完成。 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
7樓2017-03-24 22:42:43
2樓2017-03-23 20:52:14
hclwonder
新蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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- 專(zhuān)業(yè): 藥物設(shè)計(jì)與藥物信息
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一般會(huì)是兩條鏈chain，選中多肽那條刪去再保存即可。找個(gè)合適的分子顯示軟件比如ds的client或者schrodinger的maestro或者其它軟件。 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
3樓2017-03-23 21:54:59
許你安然然
新蟲(chóng) (初入文壇)
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請(qǐng)問(wèn)我用pymol選中了后面的一段蛋白，然后刪掉了，這樣可以嗎？原pdb是x-ray得到的，是不是沒(méi)有水啊？ 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
4樓2017-03-24 19:15:21
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