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用lammps計(jì)算300K的水密度總是在減小，到0.7g/cm3了，是哪里出了問題？ 已有2人參與
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采用的周期性邊界條件，一開始建立的是方盒形的水模型，但隨著模擬的進(jìn)行，整個(gè)體系就不再是方形的，密度也在減小，這是為什么呢？按道理根據(jù)周期性邊界條件從邊界跑出去的原子應(yīng)該會(huì)從另一邊再進(jìn)來(lái)的，應(yīng)該會(huì)始終保持方盒形的吧？看這模擬結(jié)果似乎不是？ 初始結(jié)構(gòu)： 模擬的結(jié)果： in 文件如下： units real boundary p p p dimension 3 atom_style full neighbor 2.0 bin neigh_modify delay 0 every 1 check yes read_data water.data mass 1 1.008 mass 2 15.9994 pair_style lj/cut/tip4p/long 2 1 1 1 0.1546 12 12 bond_style harmonic angle_style harmonic kspace_style pppm/tip4p 1.0e-4 pair_modify mix arithmetic pair_coeff 1 1 0 0 12 pair_coeff 2 2 0.1852 3.1589 12 pair_coeff 1 2 0 0 12 # bond coefficient, K, r0 bond_coeff 1 450 0.9572 # angle coefficient, K, theta angle_coeff 1 55 104.52 #后面兩個(gè)參數(shù)看angle_style，是K和θ # Coulomb interaction group O type 2 group H type 1 group water type 1 2 timestep 0.1 dump 1 all custom 1000 dump.lammpstrj id element xu yu zu dump_modify 1 element H O thermo_style custom step pe etotal press temp #multi thermo 1000 velocity all create $t 72489 dist gaussian minimize 1.0e-8 1.0e-8 5000 5000 fix 1 all shake 0.0001 20 0 b 1 a 1 fix 2 all npt temp $t $t 10 iso 1 1 100 fix out_put all print 500 "$S $T $Y $P $K $N $V $D" file water_stat.txt screen no title "step temp press pe ke etotal volume Density" run 1000000 部分data文件: LAMMPS data file. CGCMM style. atom_style full generated by VMD/TopoTools v1.2 on Sat Apr 01 08:49:42 +0800 2017 5943 atoms 3962 bonds 1981 angles 0 dihedrals 0 impropers 2 atom types 1 bond types 1 angle types 0 dihedral types 0 improper types -0.012000 39.988000 xlo xhi 0.026501 40.026501 ylo yhi 0.008500 40.008500 zlo zhi # Pair Coeffs # # 1 HT # 2 OT # Bond Coeffs # # 1 # Angle Coeffs # # 1 unknown Masses 1 1.007940 # HT 2 15.999400 # OT Atoms 1 1 2 -0.834000 3.668000 10.082000 15.904000 # OT TIP3 2 1 1 0.417000 3.224000 10.451000 15.101000 # HT TIP3 3 1 1 0.417000 3.092000 10.379000 16.627001 # HT TIP3 4 2 2 -0.834000 6.033000 4.876000 20.891001 # OT TIP3 5 2 1 0.417000 6.078000 5.224000 21.798000 # HT TIP3 6 2 1 0.417000 6.592000 4.088000 20.961000 # HT TIP3 7 3 2 -0.834000 4.569000 3.960000 29.886999 # OT TIP3 8 3 1 0.417000 3.959000 3.160000 29.980000 # HT TIP3 9 3 1 0.417000 3.995000 4.655000 29.422001 # HT TIP3 10 4 2 -0.834000 0.975000 14.007000 38.567001 # OT TIP3 |
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sandy950111
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完全是火: 金幣+20, ★★★很有幫助, 多謝，我試一下 2017-04-04 08:49:06
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| simulation box 會(huì)一直是方形的，不過因?yàn)槟阌昧薴ix npt的nose hoover 控壓法，該算法會(huì)根據(jù)壓力調(diào)控simulation box的尺寸，導(dǎo)致你的simulation box 尺寸變大，密度只有0.7有些小了，我模擬的一般都是1.04左右，你可以仔細(xì)看看manual的fix npt command,一些參數(shù)可能調(diào)整下就好了。 |
2樓2017-04-02 23:55:28
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