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完全是火

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[求助] 用lammps計(jì)算300K的水密度總是在減小，到0.7g/cm3了，是哪里出了問(wèn)題？已有2人參與

采用的周期性邊界條件，一開(kāi)始建立的是方盒形的水模型，但隨著模擬的進(jìn)行，整個(gè)體系就不再是方形的，密度也在減小，這是為什么呢？按道理根據(jù)周期性邊界條件從邊界跑出去的原子應(yīng)該會(huì)從另一邊再進(jìn)來(lái)的，應(yīng)該會(huì)始終保持方盒形的吧？看這模擬結(jié)果似乎不是？
初始結(jié)構(gòu)：

模擬的結(jié)果：

用lammps計(jì)算300K的水密度總是在減小，到0.7g/cm3了，是哪里出了問(wèn)題？-1

in 文件如下：
units          real
boundary       p p p
dimension    3
atom_style    full
neighbor 2.0 bin
neigh_modify delay 0 every 1 check yes

read_data    water.data
mass          1 1.008
mass          2 15.9994

pair_style    lj/cut/tip4p/long 2 1 1 1 0.1546 12 12
bond_style    harmonic
angle_style    harmonic
kspace_style    pppm/tip4p 1.0e-4

pair_modify    mix arithmetic

pair_coeff    1 1 0  0 12
pair_coeff    2 2 0.1852 3.1589 12
pair_coeff    1 2 0 0 12

#  bond coefficient, K, r0
bond_coeff    1 450 0.9572

#  angle coefficient, K, theta
angle_coeff    1 55 104.52  #后面兩個(gè)參數(shù)看angle_style，是K和θ

# Coulomb interaction
group             O type 2
group H type 1
group             water type 1 2

timestep       0.1

dump          1 all custom 1000 dump.lammpstrj id element xu yu zu
dump_modify    1 element  H O

thermo_style custom step pe etotal press temp #multi
thermo       1000
velocity       all create $t 72489 dist gaussian
minimize 1.0e-8 1.0e-8 5000 5000
fix 1 all shake 0.0001 20 0 b 1 a 1
fix          2 all npt temp $t $t 10 iso 1 1 100
fix out_put all print 500 "$S  $T  $Y  $P  $K  $N  $V  $D" file  water_stat.txt screen no title "step temp press pe ke etotal volume Density"
run 1000000

部分data文件:
LAMMPS data file. CGCMM style. atom_style full generated by VMD/TopoTools v1.2 on Sat Apr 01 08:49:42 +0800 2017
5943 atoms
3962 bonds
1981 angles
0 dihedrals
0 impropers
2 atom types
1 bond types
1 angle types
0 dihedral types
0 improper types
-0.012000 39.988000  xlo xhi
0.026501 40.026501  ylo yhi
0.008500 40.008500  zlo zhi

# Pair Coeffs
#
# 1  HT
# 2  OT

# Bond Coeffs
#
# 1

# Angle Coeffs
#
# 1  unknown

Masses

1 1.007940 # HT
2 15.999400 # OT

Atoms

1 1 2 -0.834000 3.668000 10.082000 15.904000 # OT TIP3
2 1 1 0.417000 3.224000 10.451000 15.101000 # HT TIP3
3 1 1 0.417000 3.092000 10.379000 16.627001 # HT TIP3
4 2 2 -0.834000 6.033000 4.876000 20.891001 # OT TIP3
5 2 1 0.417000 6.078000 5.224000 21.798000 # HT TIP3
6 2 1 0.417000 6.592000 4.088000 20.961000 # HT TIP3
7 3 2 -0.834000 4.569000 3.960000 29.886999 # OT TIP3
8 3 1 0.417000 3.959000 3.160000 29.980000 # HT TIP3
9 3 1 0.417000 3.995000 4.655000 29.422001 # HT TIP3
10 4 2 -0.834000 0.975000 14.007000 38.567001 # OT TIP3

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1樓 2017-04-02 17:27:30

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3樓: Originally posted by sweet1994 at 2017-04-03 22:05:52
樓主是用ms建的模嗎？

用VMD建的模

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4樓2017-04-04 08:49:29

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sandy950111

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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
完全是火: 金幣+20, ★★★很有幫助, 多謝，我試一下 2017-04-04 08:49:06

simulation box 會(huì)一直是方形的，不過(guò)因?yàn)槟阌昧薴ix npt的nose hoover 控壓法，該算法會(huì)根據(jù)壓力調(diào)控simulation box的尺寸，導(dǎo)致你的simulation box 尺寸變大，密度只有0.7有些小了，我模擬的一般都是1.04左右，你可以仔細(xì)看看manual的fix npt command,一些參數(shù)可能調(diào)整下就好了。

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2樓2017-04-02 23:55:28

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sweet1994

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樓主是用ms建的模嗎？

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3樓2017-04-03 22:05:52

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引用回帖:

3樓: Originally posted by sweet1994 at 2017-04-03 22:05:52
樓主是用ms建的模嗎？

用的VMD，里面有水分子的

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5樓2017-05-08 09:14:36

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