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努力的向日葵鐵蟲 (小有名氣)
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[求助]
用MS構(gòu)建真空層結(jié)構(gòu)發(fā)生變化 已有1人參與
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我在MS里希望對自己的模型加一個(gè)真空層，用的結(jié)構(gòu)是一個(gè)Ge2Sb2Te5的單胞，但是在進(jìn)行切面時(shí)由于對MS中的surface模塊不了解，不明白他是怎么切的，所以每次設(shè)置參數(shù)后切面得到的結(jié)構(gòu)都發(fā)生改變了，原子比不再是2:2:5(而且切了之后加入真空層原子總是集中在真空層的一端，另一端只有幾個(gè)原子，中間是空的)。這樣使得后期再VASP里進(jìn)行計(jì)算時(shí)所用到的結(jié)構(gòu)就不是我自己想要的。所以想請教大家應(yīng)當(dāng)如何設(shè)置才能使得最終在切面和加真空層后所得到的結(jié)構(gòu)不發(fā)生變化。至少保持原子比不變.還請高手指教，感謝。 原始模型圖.png 切面后得到的.png 加入真空層的結(jié)果.png |
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zhangfrank
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前面幾個(gè)圖不說。最后一個(gè)圖，真空右側(cè)的樣子就是你模型最左面一層原子啊。周期性條件，所以是一個(gè)樣子。模型沒有問題 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
2樓2017-04-15 14:16:26
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3樓2017-04-15 17:18:22
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4樓2017-04-15 21:27:18
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5樓2017-04-16 09:01:55
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【答案】應(yīng)助回帖
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不明白你什么意思。 “會(huì)導(dǎo)致我的poscar文件里原子位置變化”完全不清楚你意思。。。 你的最后一個(gè)圖的最左面一排和真空右面的一排是相同的原子，只是顯示問題而已，對你的計(jì)算不會(huì)有任何影響。不是建模不對。周期性條件就是，你在某個(gè)邊界上的原子跟對側(cè)邊界上原子是相同原子。所以能有什么問題。。。 |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
6樓2017-04-17 11:06:34
努力的向日葵
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送紅花一朵 |
謝謝。我指的是進(jìn)行切面后原子的坐標(biāo)發(fā)生了改變，這樣得出的POSCAR文件也就變了，而在vasp計(jì)算時(shí)是需要這個(gè)文件的，而且在后面我希望能在vasp中加電場計(jì)算后再用vesta將結(jié)構(gòu)顯示出來，這樣顯示出來的結(jié)構(gòu)肯定和我的第一幅圖上結(jié)構(gòu)不一樣，這樣我就不知道怎么說我所測試的就是Ge2Sb2Te5了。我試了很多切法最終的結(jié)構(gòu)和我現(xiàn)在切出來的結(jié)構(gòu)都大致相似，這樣我要怎么說明其實(shí)他就是我最原始的結(jié)構(gòu)加上真空層的結(jié)果呢？因?yàn)閯偨佑|這方面所以有點(diǎn)想不明白。 |
7樓2017-04-17 13:57:00
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