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[求助]
關(guān)于高通量測序后構(gòu)建進化樹的相關(guān)問題，有些細節(jié)不懂，希望大家?guī)蛶兔? 已有1人參與
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本人剛接觸分子生物信息學這一塊，最近剛開始學習做系統(tǒng)發(fā)育進化樹，然后在做的過程中出現(xiàn)了很多的問題，現(xiàn)在說出來，希望做過的大神能夠給一些意見和建議。 我是測的高通量測序，做功能菌AOAAOB，因為功能菌基因的注釋結(jié)果不是很好，所以想要做一個系統(tǒng)發(fā)育的進化樹，來看看自己得到的OUT到底是屬于哪一個屬的，我的操作就是拿代表OUT的序列在BLAST上比對，然后勾選uncultured，會得到一些有具體菌種名稱的序列，只是identity沒有100%，可能就是92%，94%之類的，然后QUERY COVER也是有可能不會是100%，就99%，98%，97%這樣子的，就拿AOB舉例子來說，我取豐度最高的前十代表OTU來按照上面的操作搜索參比序列，發(fā)現(xiàn)前十代表OTU的序列本身就比較相近，可能是土壤里面本身的菌落結(jié)構(gòu)比較單一，最后得到了一個比較粗糙的進化樹。這個樹太粗糙以至于有些序列放了幾遍我也開始沒發(fā)現(xiàn)。只是舉個例子而已。 現(xiàn)在存在的問題如下： 1.我的代表OTU序列本身就比較相近，所以在進化樹里面OTU自己都聚在了一起，而已經(jīng)的參比序列聚到了一起，而且盡管相似度都很高，但是自展值有的卻很低，有的也就是三十幾，四十幾，這完全沒有達到我的目的，看不出哪個OTU跟哪個菌比較近，不知道這種情況應該怎么辦？怎么調(diào)整？ 2.我用blast找參比序列的時候是勾選了unclutured的，就是不知道在進化樹能不能放入uncultured的菌屬，像我上面描述這樣子的操作到底可不可行？ 3.高通量序列測出來的有很多代表OTU序列，不知道是應該放豐度前1%，還是放豐度排名前30位的OTU序列？ 4.一般都是會用親緣關(guān)系比較遠的序列作為根，親緣關(guān)系比較遠的序列如何找，如何確定？感覺自己找親緣關(guān)系遠的或者近的都比較盲目。 5.有的文章中會在后面加上是哪些類，比如是nitrosospira,nitrosomonas等，甚至有的是Group Ⅰ.1之類的，就像知道如果序列是uncultured，那如何知道它是屬于哪個屬的？ 自己搞了一周了， 還不解，希望各位幫幫忙 屏幕快照 2017-11-30 下午2.47.22.png 屏幕快照 2017-11-30 下午2.47.32.png 屏幕快照 2017-11-30 下午2.48.00.png 1D8A9823-7B19-44C0-A928-44E047C560F0.png |
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 高通量測序 |
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3樓2018-03-20 19:15:12
【答案】應助回帖
感謝參與，應助指數(shù) +1
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由于在微生物多樣性分析公司，雖然自己不是很精通，但是也自己操作過一點點，聽同事也講過一點點，希望對你有幫助。 1 由于目前功能基因沒有專門的數(shù)據(jù)庫，所以測序完成后，我們也是用NCBI進行BLAST比對的。 2 由于環(huán)境中，沒有鑒別的微生物太多，注定環(huán)境樣本中uncultured的很多，unclassified的也很多。像我們給客戶做的結(jié)果，對于環(huán)境樣本，unclassified的很多，在種水平有的能達到80-90%。 3 做完了OTU注釋后，需要把相同種屬的在進行一次整理。例如OTU1 、OTU30可能屬于同一種，注釋完成后，需要將他們重新再進行整理，合并到一起。 4 BLAST比對后，至于選擇前10還是前30，每個公司不一致，這個也沒有標準規(guī)定。 5 如果實在搞不懂，可以將你的數(shù)據(jù)部分外包給公司，然后看一下公司是怎么做的，請教一下公司技術(shù)人員，這樣理解學習起來會更快一些。 |
2樓2017-12-04 09:56:59
4樓2019-11-21 10:08:23
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