 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 6274 | 回復(fù): 3 | |||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點擊這里查看本話題的所有回帖 | |||
[求助]
關(guān)于高通量測序后構(gòu)建進化樹的相關(guān)問題，有些細(xì)節(jié)不懂，希望大家?guī)蛶兔? 已有1人參與
|
|||
|
本人剛接觸分子生物信息學(xué)這一塊，最近剛開始學(xué)習(xí)做系統(tǒng)發(fā)育進化樹，然后在做的過程中出現(xiàn)了很多的問題，現(xiàn)在說出來，希望做過的大神能夠給一些意見和建議。 我是測的高通量測序，做功能菌AOAAOB，因為功能菌基因的注釋結(jié)果不是很好，所以想要做一個系統(tǒng)發(fā)育的進化樹，來看看自己得到的OUT到底是屬于哪一個屬的，我的操作就是拿代表OUT的序列在BLAST上比對，然后勾選uncultured，會得到一些有具體菌種名稱的序列，只是identity沒有100%，可能就是92%，94%之類的，然后QUERY COVER也是有可能不會是100%，就99%，98%，97%這樣子的，就拿AOB舉例子來說，我取豐度最高的前十代表OTU來按照上面的操作搜索參比序列，發(fā)現(xiàn)前十代表OTU的序列本身就比較相近，可能是土壤里面本身的菌落結(jié)構(gòu)比較單一，最后得到了一個比較粗糙的進化樹。這個樹太粗糙以至于有些序列放了幾遍我也開始沒發(fā)現(xiàn)。只是舉個例子而已。 現(xiàn)在存在的問題如下： 1.我的代表OTU序列本身就比較相近，所以在進化樹里面OTU自己都聚在了一起，而已經(jīng)的參比序列聚到了一起，而且盡管相似度都很高，但是自展值有的卻很低，有的也就是三十幾，四十幾，這完全沒有達到我的目的，看不出哪個OTU跟哪個菌比較近，不知道這種情況應(yīng)該怎么辦？怎么調(diào)整？ 2.我用blast找參比序列的時候是勾選了unclutured的，就是不知道在進化樹能不能放入uncultured的菌屬，像我上面描述這樣子的操作到底可不可行？ 3.高通量序列測出來的有很多代表OTU序列，不知道是應(yīng)該放豐度前1%，還是放豐度排名前30位的OTU序列？ 4.一般都是會用親緣關(guān)系比較遠的序列作為根，親緣關(guān)系比較遠的序列如何找，如何確定？感覺自己找親緣關(guān)系遠的或者近的都比較盲目。 5.有的文章中會在后面加上是哪些類，比如是nitrosospira,nitrosomonas等，甚至有的是Group Ⅰ.1之類的，就像知道如果序列是uncultured，那如何知道它是屬于哪個屬的？ 自己搞了一周了， 還不解，希望各位幫幫忙 屏幕快照 2017-11-30 下午2.47.22.png 屏幕快照 2017-11-30 下午2.47.32.png 屏幕快照 2017-11-30 下午2.48.00.png 1D8A9823-7B19-44C0-A928-44E047C560F0.png |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 高通量測序 |
» 猜你喜歡
288求調(diào)劑 一志愿哈工大 材料與化工
已經(jīng)有31人回復(fù)
-
一志愿北京科技大學(xué)085601材料工程英一數(shù)二初試總分335求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
085801 總分275 本科新能源 求調(diào)劑
已經(jīng)有17人回復(fù)
-
324求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
學(xué)碩化學(xué)工程與技術(shù)，一志愿中國海洋大學(xué)320+求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
材料調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
初試301，代碼085701環(huán)境工程，本碩一致，四六級已過，有二區(qū)一作，共發(fā)表5篇論文
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
化學(xué)308分調(diào)劑
已經(jīng)有15人回復(fù)
-
346求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
環(huán)境285分，過六級，求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
小肥兔擠
新蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 31.1
- 帖子: 59
- 在線: 14.5小時
- 蟲號: 4460546
- 注冊: 2016-03-03
- 專業(yè): 海洋地質(zhì)學(xué)
4樓2019-11-21 10:08:23
【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
|
由于在微生物多樣性分析公司，雖然自己不是很精通，但是也自己操作過一點點，聽同事也講過一點點，希望對你有幫助。 1 由于目前功能基因沒有專門的數(shù)據(jù)庫，所以測序完成后，我們也是用NCBI進行BLAST比對的。 2 由于環(huán)境中，沒有鑒別的微生物太多，注定環(huán)境樣本中uncultured的很多，unclassified的也很多。像我們給客戶做的結(jié)果，對于環(huán)境樣本，unclassified的很多，在種水平有的能達到80-90%。 3 做完了OTU注釋后，需要把相同種屬的在進行一次整理。例如OTU1 、OTU30可能屬于同一種，注釋完成后，需要將他們重新再進行整理，合并到一起。 4 BLAST比對后，至于選擇前10還是前30，每個公司不一致，這個也沒有標(biāo)準(zhǔn)規(guī)定。 5 如果實在搞不懂，可以將你的數(shù)據(jù)部分外包給公司，然后看一下公司是怎么做的，請教一下公司技術(shù)人員，這樣理解學(xué)習(xí)起來會更快一些。 |
2樓2017-12-04 09:56:59
3樓2018-03-20 19:15:12
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 266分，一志愿電氣工程，本科材料，求材料專業(yè)調(diào)劑 +4 | 哇呼哼呼哼 2026-04-02 | 4/200 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 262求調(diào)劑 +5 | 勵志一定發(fā)文章 2026-04-02 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 生醫(yī)工0831調(diào)劑求推薦 +5 | 小熊睿睿_s 2026-03-27 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 271求調(diào)劑 +15 | 勒布朗@ 2026-03-31 | 20/1000 |
|
|
|
[考研] 0710生物學(xué)336分求調(diào)劑 +3 | kiyy 2026-04-01 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 329求調(diào)劑 +8 | miaodesi 2026-04-02 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 282求調(diào)劑 +17 | ycy1201 2026-04-01 | 19/950 |
|
|
|
[考研] 070300一志愿211，312分求調(diào)劑院校 +14 | 小黃鴨寶 2026-03-30 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 0703一志愿南師大334求調(diào)劑 +4 | seven7yu 2026-03-30 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 285求調(diào)劑 +5 | FZAC123 2026-03-30 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑 +3 | 好好讀書。 2026-04-01 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 267求調(diào)劑 +13 | uiybh 2026-03-31 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑：一志愿：南京大學(xué) 專業(yè)：0705 總分320 ，本科985，四六級已過 +3 | lfy760306 2026-03-31 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué) +20 | 妮妮ninicgb 2026-03-27 | 20/1000 |
|
|
|
[考研] 286求調(diào)劑 +5 | 丟掉懶惰 2026-03-27 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 08工科，295，接受跨專業(yè)調(diào)劑 +6 | lmnlzy 2026-03-30 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)321分求調(diào)劑 +10 | 三dd. 2026-03-30 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 293求調(diào)劑 +3 | 末未mm 2026-03-30 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑考研 +3 | 王杰一 2026-03-29 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 266求調(diào)劑 +11 | 陽陽哇塞 2026-03-27 | 12/600 |
|