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chcwaaa

木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

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連接2個(gè)pdb

★
小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流

你好,我有2個(gè)pdb文件,我想用tcl命令連接到一個(gè)pdb里去.
我找到如下語(yǔ)句: protein.psf 和protein.pdb 對(duì)應(yīng)
membrane.psf 和membrane.pdb對(duì)應(yīng)
protein_lipids 是合并后的結(jié)果
package require psfgen
readpsf protein.psf
readpsf membrane.psf

coordpdb protein.pdb
coordpdb membrane.pdb

writepdb protein_lipids.pdb
writepsf protein_lipids.psf

我按照上面的腳本測(cè)試,出錯(cuò):unable to add (duplicate?) residue W1:1.
我實(shí)際上是連接2個(gè)同樣的水盒子,只是第二個(gè)相對(duì)于第一個(gè)盒子在z方向偏移了一定距離. 不知道是怎么回事,還有其它的方法嗎? 非常感謝!

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101樓2009-11-03 21:14:12

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bay__gulf

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lei0736(金幣+2,VIP+0):謝謝 11-4 16:17

可能是兩個(gè)文件的segname和resid重復(fù)了吧,W1:1分別指的就是這兩項(xiàng)
改個(gè)segname試試看
這種情況最好重新做pdb文件,在psfgen,否則segname 很亂,后期處理較麻煩

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102樓2009-11-04 10:02:23

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csfn

103樓2009-11-12 14:18:16

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jianchaoyv

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In the VMD TkCon window, type the following command:source ubq.pgn（出錯(cuò)）

★
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>Main< (vmd) 3 % source ubq.pgn
couldn't read file "ubq.pgn": no such file or directory

請(qǐng)問(wèn)怎樣解決這個(gè)問(wèn)題，初學(xué)VMD請(qǐng)高手指教�。�

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104樓2009-11-15 13:28:39

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引用回帖:

Originally posted by jianchaoyv at 2009-11-15 13:28:
>Main< (vmd) 3 % source ubq.pgn
couldn't read file "ubq.pgn": no such file or directory

請(qǐng)問(wèn)怎樣解決這個(gè)問(wèn)題，初學(xué)VMD請(qǐng)高手指教��！

和當(dāng)前路徑有關(guān),按tutorial 一步一步來(lái).
補(bǔ)習(xí)pwd, cd, ls 等操作方法

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105樓2009-11-15 14:26:09

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NAMD 出錯(cuò)請(qǐng)求幫助！！

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------------- Processor 0 Exiting: Called CmiAbort ------------
Reason: FATAL ERROR: can't read "coorList(577)": no such element in array
while executing
"lindex $coorList($i) 2"
(procedure "calcforces" line 5)
invoked from within
"calcforces"

Charm++ fatal error:
FATAL ERROR: can't read "coorList(577)": no such element in array
while executing
"lindex $coorList($i) 2"
(procedure "calcforces" line 5)
invoked from within
"calcforces"

This application has requested the Runtime to terminate it in an unusual way.
Please contact the application's support team for more information.

請(qǐng)問(wèn)怎么解決這一問(wèn)題？？

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106樓2009-11-16 16:49:11

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上面問(wèn)題的.conf文件

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#############################################################
## JOB DESCRIPTION                                        ##
#############################################################

# Simulate the 4-nanotube system with induced pressure difference

#############################################################
## ADJUSTABLE PARAMETERS                                  ##
#############################################################

structure       cnt.psf
coordinates       cnt.pdb

set temperature 300
set outputname    sim_short

# Continuing a job from the restart files
Bincoordinates    initial.coor
Binvelocities    initial.vel

#############################################################
## SIMULATION PARAMETERS                                  ##
#############################################################

# Input
paraTypeCharmm       on
parameters       par_all27_prot_lipid.prm

# Periodic Boundary conditions
cellBasisVector1 23 0. 0.
cellBasisVector2    0. 19.919 0.
cellBasisVector3    0. 0 30.3962
wrapAll          on

# Force-Field Parameters
exclude          scaled1-4
1-4scaling       1.0
cutoff             12.
switching          on
switchdist       10.
pairlistdist       14.5

# Integrator Parameters
timestep          1 ;# 1fs/step
nonbondedFreq    2
fullElectFrequency  4
stepspercycle    20

# Constant Temperature Control
langevin          on ;# do langevin dynamics
langevinDamping    5    ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps
langevinTemp       $temperature
langevinHydrogen no ;# don't couple langevin bath to hydrogens

# Output
outputName       $outputname
restartfreq       1000    ;# 1000steps = every 1ps
dcdfreq          1000
outputEnergies    1000

# Fixed Atoms Constraint (set PDB occupancy-column to 1)
fixedAtoms       on

# IMD Settings (can view sim in VMD)
if {0} {
IMDon          on
IMDport       3000 ;# port number (enter it in VMD)
IMDfreq       1    ;# send every 1 frame
IMDwait       no    ;# wait for VMD to connect before running?
}

#############################################################
## EXTRA PARAMETERS                                     ##
#############################################################

tclForces on

tclForcesScript {
  set cellLengthZ 30.3962  ;# The length of the unit cell in the z-direction, should be the same as the value in "cellBasisVector3"
  set LowerBoundary -12.5
  set UpperBoundary 12.5
  set force {0 0 0.4}
  set watIdList {}
  for {set i 577} {$i<1320} {incr i 3} {
lappend watIdList $i
addatom $i
  }
  proc calcforces {} {
global cellLengthZ LowerBoundary UpperBoundary force watIdList
loadcoords coorList
foreach i $watIdList {
   set z [lindex $coorList($i) 2]
   set z [expr $z-round($z/$cellLengthZ)*$cellLengthZ]  ;# Translate this coordinate into its corresponding value in the original unit cell
   if {$z>$UpperBoundary || $z<$LowerBoundary} {
      addforce $i $force
   }
}
  }
}

#############################################################
## EXECUTION SCRIPT                                     ##
#############################################################

run 40000 ;# 40ps

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107樓2009-11-16 17:03:39

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zeoliters(金幣+2,VIP+0):多謝回帖交流！ 12-25 16:44

引用回帖:

Originally posted by jianchaoyv at 2009-11-16 16:49:
------------- Processor 0 Exiting: Called CmiAbort ------------
Reason: FATAL ERROR: can't read "coorList(577)": no such element in array
while executing
"lindex $coorList($i) ...

這是user define force , 屬于namd 的高級(jí)用法, 涉及的內(nèi)容很多,
在一個(gè)帖子中講不完. 你還是先學(xué)一下基礎(chǔ)的吧.
把這個(gè)帖子提到的東西看完再說(shuō)
http://www.mdbbs.org/thread-13237-1-2.html

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108樓2009-11-16 17:05:51

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109樓2009-11-16 18:11:47

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zeoliters(金幣+3,VIP+0):多謝回帖交流！ 12-25 16:45

這是一篇教程的例子,模擬的是水分子在加壓情況下通過(guò)SWNT的過(guò)程.
User-Defined Forces 就是用來(lái)模擬外壓的.
http://www.ks.uiuc.edu/Training/ ... bes-html/index.html
但你的問(wèn)題是什么

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110樓2009-11-16 18:29:12

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