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jianchaoyv

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★
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流

我的問題運行.conf時，提示：
------------- Processor 0 Exiting: Called CmiAbort ------------
Reason: FATAL ERROR: can't read "coorList(577)": no such element in array
while executing
"lindex $coorList($i) 2"
(procedure "calcforces" line 5)
invoked from within
"calcforces"

Charm++ fatal error:
FATAL ERROR: can't read "coorList(577)": no such element in array
while executing
"lindex $coorList($i) 2"
(procedure "calcforces" line 5)
invoked from within
"calcforces"

This application has requested the Runtime to terminate it in an unusual way.
Please contact the application's support team for more information.
怎樣才能解決��？

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111樓2009-11-18 16:36:27

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bay__gulf

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★ ★
lei0736(金幣+2,VIP+0):謝謝答疑 11-18 21:16

引用回帖:

Originally posted by jianchaoyv at 2009-11-18 16:36:
我的問題運行.conf時，提示：
------------- Processor 0 Exiting: Called CmiAbort ------------
Reason: FATAL ERROR: can't read "coorList(577)": no such element in array
while executin ...

你好
不是我不認真回復(fù),
實在是這個問題涉及namd 的高級用法, 不是一兩句話能說明白的.
我的建議是你從頭開始一步一步學(xué)習namd, 有一定基礎(chǔ)之后自然會明白.
科研道路沒有捷徑, 知識也只能靠自己去學(xué), 畢竟MD 不是play game.

你是女生吧, 你留個QQ, 我給你開個單線.

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回復(fù)此樓

112樓2009-11-18 17:37:36

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

jianchaoyv

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★
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流

謝謝樓上的！我的QQ：526068505
版主，怎么不加我�。�！

[ Last edited by jianchaoyv on 2009-11-24 at 11:37 ]

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113樓2009-11-24 10:37:17

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arthurii

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★
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流

VMD選中surface的指令是不是需要再pdb文件里面先進行部分定義？
我在VMD上直接選我核算結(jié)構(gòu)的surface選不上，然后識別親水和疏水性，結(jié)果hydrophobic選不上東西，not hydrophobic或者polar就全部都選上。我用DS算了我做的核酸的SASA，親水疏水大概是3：7的。但是DS里面核酸和小分復(fù)合物算不出來。
請教，由于hydrophobic和surface的選擇，這個是根據(jù)什么定義的？
在VMD答疑上看到有人也算了核酸的，但是沒有說是怎樣選上極性和非極性部分的
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/vmd-l/13738.html
謝謝！

[ Last edited by arthurii on 2009-12-6 at 11:28 ]

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114樓2009-12-06 09:47:50

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bay__gulf

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★ ★ ★ ★
lei0736(金幣+4,VIP+0):謝謝 12-12 11:35

buried : resname ALA LEU VAL ILE PHE CYS MET TRP
surface : protein and not buried

hydrophobic : resname ALA LEU VAL ILE PRO PHE MET TRP
polor : protein and not hydrophobic

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115樓2009-12-06 11:44:56

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arthurii

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★
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引用回帖:

Originally posted by bay__gulf at 2009-12-6 11:44:
buried : resname ALA LEU VAL ILE PHE CYS MET TRP
surface : protein and not buried

hydrophobic : resname ALA LEU VAL ILE PRO PHE MET TRP
polor : protein and not hydrophobic

依照這個規(guī)定，那假設(shè)對象是核酸還有小分子的話，就需要另外自行定義polar和non polar了吧？

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116樓2009-12-06 14:03:11

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bay__gulf

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lei0736(金幣+2,VIP+0):謝謝 12-12 11:35

引用回帖:

Originally posted by arthurii at 2009-12-6 14:03:
依照這個規(guī)定，那假設(shè)對象是核酸還有小分子的話，就需要另外自行定義polar和non polar了吧？

用別的方法定義吧, 比如resid
不要用surface, polor 了, 這個不適合核酸.

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117樓2009-12-06 20:49:50

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arthurii

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引用回帖:

Originally posted by bay__gulf at 2009-12-6 20:49:

用別的方法定義吧, 比如resid
不要用surface, polor 了, 這個不適合核酸.

核酸的估計用resid也不行，空間暴露的太多，resid精確性太低。
估計得查查文獻，看看具體原子，用name了。
謝謝指導(dǎo)！

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118樓2009-12-06 23:17:57

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Joannaouc

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★
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我想編寫一個計算自擴散系數(shù)的腳本，能給推薦一個入門的例子或者教程嗎？
謝謝！

謝謝120樓~~

[ Last edited by Joannaouc on 2009-12-10 at 09:13 ]

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119樓2009-12-09 15:21:55

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lei0736(金幣+5,VIP+0):感謝分享 12-12 11:36

自己用的, 略作修改
將就看吧

CODE:

set numFrame [molinfo top get numframes]

for { set dt 1 } { $dt < $numFrame/2 } { incr dt } {

  set r2 0

  for { set fr0 1 } { $fr0 < $numFrame/2 } { incr fr0 } {

    set sel [atomselect top "water and name OH2 frame $fr0]

      foreach wti [$sel get index] {

         set wt0 [atomselect top "index $index" frame $fr0]

         set wtt [atomselect top "index $index" frame [expr $fr0 + $dt]]

         set cd0 [measure center $wt0]

         set cdt [measure center $wtt]

         set dr [veclength [vecsub $cdt $cd0] ]

         set r2 [expr $r2 + $dr*$dr]

         $wt0 delete

         $wtt delete

      }

      $sel delete

  }

  set dr2 [expr $r2/$n]

  puts "$n $dt\t$dr2"

}

[ Last edited by bay__gulf on 2009-12-9 at 17:46 ]

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回復(fù)此樓

120樓2009-12-09 17:37:16

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