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bay__gulf

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★ ★ ★
gwdavid(金幣+3,VIP+0):謝謝 9-29 16:07

引用回帖:

Originally posted by arthurii at 2009-9-26 14:55:

Thank you very much. 版主動(dòng)作真快，辛苦了

偶爾碰到就解答了，提到的ug 是1.8.7版本的。
我在mdbbs上是namd和vmd版的版主，在這里只是負(fù)責(zé)這一個(gè)帖子，不是版主。
現(xiàn)在也沒有篡位的打算。

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91樓2009-09-26 15:34:25

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★
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流

兄弟，這問題困擾我好久了，不知是否能指點(diǎn)一下：

問題如下：

【目的】利用分子動(dòng)力學(xué)模擬計(jì)算蛋白-配體復(fù)合物的結(jié)合自由能

【方法】使用LIE方法計(jì)算結(jié)合自由能，利用GROMACS進(jìn)行分子動(dòng)力學(xué)采樣，為得到較好的結(jié)果，使用全原子力場(chǎng)OPSL/AA（問題就出在這個(gè)力場(chǎng)上）

【結(jié)果】使用LIE方法需要進(jìn)行一步對(duì)ligand在水溶液中的單獨(dú)模擬。而這需要有l(wèi)igand的基于OPLSAA力場(chǎng)的TOP文件，傳說中的 PRODRG僅能生成基于GROMOS87的聯(lián)合力場(chǎng)TOP文件。用過現(xiàn)存的可以自動(dòng)產(chǎn)生OPLS力場(chǎng)TOP文件的工具M(jìn)Ktop，可是這只是一個(gè) perl的文件，我運(yùn)行之后產(chǎn)生的top文件，里邊基本啥都沒有。。。。5555555.。。。。

【結(jié)論】請(qǐng)兄弟指點(diǎn)一二！

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個(gè)人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]

92樓2009-09-29 16:29:41

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★ ★
lei0736(金幣+2,VIP+0):謝謝 10-13 14:26

回92
你好，我對(duì)gmx 不太熟悉，你的問題可以到
http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=1082439 中發(fā)帖

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93樓2009-09-29 16:44:13

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★
lei0736(金幣+1,VIP+0):謝謝提意見等高斯和分子模擬分離后可能會(huì)設(shè)這個(gè)版塊歡迎兄弟常來 10-13 14:26

引用回帖:

Originally posted by bay__gulf at 2009-9-26 15:34:

偶爾碰到就解答了，提到的ug 是1.8.7版本的。
我在mdbbs上是namd和vmd版的版主，在這里只是負(fù)責(zé)這一個(gè)帖子，不是版主。
現(xiàn)在也沒有篡位的打算。

mdbbs上看慣了……忘記這邊不是了，這邊NAMD沒專區(qū)，哎

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94樓2009-09-29 17:36:42

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★
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流

用網(wǎng)上下的top_all27_na.rtf生成DNA的結(jié)構(gòu)文件，看到那塊PRES DEO2，以為是自動(dòng)脫氧了，結(jié)果昨完才發(fā)現(xiàn)核酸沒脫氧。然后加了patch的指令，又識(shí)別不了chain編號(hào)了。請(qǐng)教下面的代碼中有些什么問題？我之前做了一次修改參數(shù)，自己加patch的那個(gè)tutorial，也是這樣子的，但是那時(shí)候卻可以……請(qǐng)不吝賜教

psf生成腳本：
segment G4 {
pdb g4-pro.pdb}
patch DEO2 G4:X
coordpdb g4-pro.pdb G4
guesscoord
writepsf g4.psf
writepdb g4.pdb

VMD錯(cuò)誤信息：
aliasing residue THY atom H73 to H53
building segment G4
reading residues from pdb file g4-pro.pdb
extracted 28 residues from pdb file
Info: generating structure...
Info: skipping conformation O3'-O5'-P-O2P at beginning of segment.
Info: skipping conformation O3'-O5'-P-O1P at beginning of segment.
Info: skipping conformation O3'-P-O5'-C5' at beginning of segment.
ERROR: Missing atoms for bond O3'(0) P(1) in residue GUA:24
Info: segment complete.
applying patch DEO2 to 1 residues
no residue X of segment G4
ERROR: failed to apply patch
MOLECULE DESTROYED BY FATAL ERROR! Use resetpsf to start over.

需要上傳文件的話也行，不過上傳論壇下載要扣BB……求助要?jiǎng)e人出BB不太好，要的話我傳上網(wǎng)盤

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95樓2009-10-11 12:08:06

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★ ★ ★ ★
lei0736(金幣+4,VIP+0):謝謝 10-13 14:27

ERROR: Missing atoms for bond O3'(0) P(1) in residue GUA:24
應(yīng)該是個(gè)段位的核苷, 核糖上面的氧不是同下一個(gè)P相連而是同H或別的什么相連
需要對(duì)這個(gè)基團(tuán)用patch 3TER ,可能是這個(gè)

no residue X of segment G4
這個(gè)錯(cuò)誤出自patch DEO2 G4:X,
此處的X 是指殘基在鏈上的序號(hào),resid,一個(gè)整數(shù)

關(guān)于psfgen 中patch 的用法可以參考
http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=10227

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96樓2009-10-11 13:39:30

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chcwaaa

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★
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流

你好！請(qǐng)教個(gè)問題。
我做了個(gè)簡(jiǎn)單的冰的融化，用的是NVT，但是最后得到的體積增大了，不知道是什么原因？ NAMD的結(jié)果文件里出現(xiàn)的volume和尺寸以及origin等都是與設(shè)置的一樣。但我在VMD里，讀入最后生成的coor文件，然后measure minmax $selection; vecsub {max}{min},得到的三個(gè)方向的尺寸與文件中設(shè)置的不同。
conf 文件如下：
#############################################################
## JOB DESCRIPTION                                        ##
#############################################################

# Minimization and Equilibration of
#  a glucose water Box

#############################################################
## ADJUSTABLE PARAMETERS                                  ##
#############################################################

structure       ice-192-2.2.4.psf
coordinates       ice-192-2.2.4.pdb

set temperature 300
set pressure    1.01325
set outputname    ice-192-2.2.4-water

firsttimestep    0

#############################################################
## SIMULATION PARAMETERS                                  ##
#############################################################

# Input
paraTypeCharmm       on
parameters       ../par_all36_carb.prm
#set velocities
seed             12345678
temperature       $temperature

# Force-Field Parameters
exclude          scaled1-4
1-4scaling       1.0
cutoff             14
switching          on
switchdist       12.
pairlistdist       16.
margin             0
splitPatch       hydrogen
#Atoms outside pairlistdist will stay outside cutoff for 10 steps
stepspercycle    10

# Integrator Parameters
timestep          2.0  ;# 2fs/step
#相當(dāng)于LAMMPS里面的fix shake,如果useSettle on,不用shake
rigidBonds       all  ;# needed for 2fs steps
rigidIterations    50
rigidTolerance    1e-8
useSettle          off
nonbondedFreq    1
fullElectFrequency  2


# Constant Temperature Control
langevin          on ;# do langevin dynamics
langevinDamping    5    ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps
langevinTemp       $temperature
langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens

# Periodic Boundary Conditions
cellBasisVector1 34.81999969482422 0. 0.
cellBasisVector2    0. 27.8439998626709 0.
cellBasisVector3    0. 0 90.89199829101563
cellOrigin       17.41010856628418 13.92199993133545 45.4456672668457

wrapAll          on

# PME (for full-system periodic electrostatics)
PME                yes
PMETolerance       1e-6
PMEGridSizeX       128
PMEGridSizeY       128
PMEGridSizeZ       128

# Constant Pressure Control (variable volume)
useGroupPressure    yes ;# needed for rigidBonds

# Output
outputName       $outputname
binaryoutput       no
binaryrestart    no
restartfreq       500    ;# 500steps = every 1ps
dcdfreq          250
velDCDFreq       1000
xstFreq          250
outputEnergies    100
outputPressure    100

#############################################################
## EXTRA PARAMETERS                                     ##
#############################################################

#############################################################
## EXECUTION SCRIPT                                     ##
#############################################################

# Minimization
minimize          1000
reinitvels       $temperature
run 300000 ;# 1ns

最初的PDB文件和最后的結(jié)果文件COOR，在壓縮包里。
如果你能抽時(shí)間看下，非常感謝！

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97樓2009-10-25 20:59:21

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★ ★ ★ ★
lei0736(金幣+4,VIP+0):謝謝 11-3 20:59

你做的完全正確
wrapAll 可以把跑出盒子的分子從另一端進(jìn)入, 使得整個(gè)體系都在一個(gè)盒子中.
但為了分子的完整, 這個(gè)功能針對(duì)的是分子的中心而不是單個(gè)原子.
你也應(yīng)該注意到,模擬完成后所有的水分子都是完整的,沒有一個(gè)跨越了PBC.

measure minmax 測(cè)量的是體系中最大和最小的坐標(biāo),
如果某個(gè)原子超出PBC, 但整個(gè)分子中心還在PBC里面, 那這個(gè)超出PBC的值可能會(huì)賦給minmax(也可能是更外側(cè)的), 所以你的結(jié)果應(yīng)該比盒子中的略大些, 體積計(jì)算用xst 文件的數(shù)據(jù).

[ Last edited by bay__gulf on 2009-10-25 at 22:09 ]

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98樓2009-10-25 21:48:49

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小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流

非常感謝! 樓主好人啊,昨天加附件的時(shí)候忘記了,看附件要金幣的^^^^^
但為了分子的完整, 這個(gè)功能針對(duì)的是分子的中心而不是單個(gè)原子.
這個(gè)中心是質(zhì)量中心嗎?

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99樓2009-10-26 09:18:03

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★
lei0736(金幣+1,VIP+0):謝謝 11-3 20:59

可能是吧, 沒有測(cè)試過,
ug 上面也是只說part of a molecule

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100樓2009-10-26 09:46:33

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