 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 34 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 11618 | 回復: 33 | |||||||||||
| 【獎勵】 本帖被評價19次，作者順水增加金幣 17.5 個 | |||||||||||
[資源]
【轉帖】關于從vasp4.5、4.6計算光學性質（組合帖）
|
|||||||||||
|
一、關于VASP中光學optics.F程序的編譯(ifort+mkl) 原帖地址http://new.quantumchemistry.net/ ... ion/200512/187.html 從VASP 4.4.4和VASP.4.4.5開始，VASP支持簡單的光學性質的計算。其具體實現(xiàn)程序是optics.F。其中一些必需的后處理程序，可以向Jürgen Furthmüller發(fā)信要。 此程序可以使用ifort和mkl編譯出來，用pgi編譯它說optics.f語法錯，不知道為什么。然后用編譯成功的程序處理已經(jīng)得出OPTIC文件的一個目錄，滿心歡喜，結果給我了這些東西： scanning POSCAR, KPOINTS and OPTIC reading KPOINTS and OPTIC set up transition energies and amplitudes DOS and joint DOS forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred Image PC Routine Line Source optics 0804A8DE Unknown Unknown Unknown optics 080502A7 Unknown Unknown Unknown optics 0804A594 Unknown Unknown Unknown libc.so.6 00314E33 Unknown Unknown Unknown optics 0804A4A1 Unknown Unknown Unknown forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred Image PC Routine Line Source libc.so.6 00360ECE Unknown Unknown Unknown libc.so.6 003614BA Unknown Unknown Unknown optics 08086FFD Unknown Unknown Unknown optics 0806A899 Unknown Unknown Unknown optics 0806C183 Unknown Unknown Unknown optics 0806B296 Unknown Unknown Unknown optics 0806D634 Unknown Unknown Unknown libpthread.so.0 0054A8A0 Unknown Unknown Unknown optics 080502A7 Unknown Unknown Unknown optics 0804A594 Unknown Unknown Unknown libc.so.6 00314E33 Unknown Unknown Unknown optics 0804A4A1 Unknown Unknown Unknown 貌似段錯誤。 具體編譯方法是先編譯optics上一級目錄中的文件，得到prec.o constant.o error.o tet.o ，并把它們拷貝到optics目錄下。 然后再到optics目錄下編譯optics 其中makefile的頭幾行修改成如下： # THIS IS AN EXAMPLE FOR INTEL-LINUX PLATFORMS RUNNING PGF COMPILERS. CUSTOMIZE! .SUFFIXES: .inc .f .F MAKE = /usr/bin/make CPP_ = /usr/bin/cpp -P -C CPP = $(CPP_) \ -Dkind8 -DNGXhalf -DCACHE_SIZE=1000 -DPGF90 -Davoidalloc <$*.F >$*.f FC = pgf90 -Mfree DEBUG = -g -O0 OFLAG = -O2 -tp p6 DOUBLE = -r8 SINGLE = TIMING = #TIMING = -pg # binding BIND = LIB = -L../../vasp.4.lib -ldmy -L/usr/local/lib -llapack -lblas ----------------------------------------------------------------------- optics.F與vasp的版本無關，我4.5.5到4.6.25都可以編譯的過去。因為它link時，需要的 只是vasp.4.lib中的文件，而vasp.4.lib中的文件基本是不升級或更新的。 [ Last edited by wuli8 on 2009-8-12 at 18:00 ] |
回復此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 仿真建模與計算 | 第一性原理計算資源總匯 | VASP | Optical |
| 計算-vasp | first principle | vasp光學 | 模擬計算課題的學習 |
| 光學性質計算 |
» 猜你喜歡
283求調劑
已經(jīng)有5人回復
-
一志愿哈爾濱工業(yè)大學材料與化工方向336分
已經(jīng)有7人回復
-
數(shù)一英一271專碩（085401）求調劑，可跨
已經(jīng)有4人回復
-
0856，材料與化工321分求調劑
已經(jīng)有11人回復
-
0703化學求調劑
已經(jīng)有8人回復
-
277跪求調劑
已經(jīng)有9人回復
-
材料277求調劑
已經(jīng)有6人回復
-
085602 307分 求調劑
已經(jīng)有7人回復
-
一志愿南昌大學324求調劑
已經(jīng)有7人回復
-
材料與化工272求調劑
已經(jīng)有6人回復
» 本主題相關價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- VASP中如何查看正在運行程序的源文件
已經(jīng)有3人回復
- vasp5.2計算光學性質
已經(jīng)有22人回復
- 介電常數(shù)計算方法
已經(jīng)有13人回復
- vasp5.2光學計算中怎么加入scissor operation?
已經(jīng)有13人回復
- vasp算出來的文件基本都是0字節(jié)的
已經(jīng)有24人回復
- 同個任務同樣的節(jié)點數(shù)VASP4.6能算，而VASP5.2不能
已經(jīng)有9人回復
- vasp編譯通過，前臺算ok，去qsub到后臺，找不到libmkl_lapack.so
已經(jīng)有19人回復
- 【求助】為什么vasp5.2版本用不了ave-mesh
已經(jīng)有8人回復
- 【求助成功】vasp5.2并行安裝不上
已經(jīng)有18人回復
- 【求助】關于vasp5.2計算色散力
已經(jīng)有5人回復
- 【求助】vasp5.2光學性質問題
已經(jīng)有18人回復
- 【求助完畢】IBZKPT,KPOINTS與DOS計算
已經(jīng)有4人回復
- 【求助】vasp5.2用B3LYP計算
已經(jīng)有21人回復
- 【求助】PBE0 計算Si、Ge能帶結構
已經(jīng)有9人回復
- 【原創(chuàng)】用pgi10.0編譯vasp5.2
已經(jīng)有12人回復
- 【求助】vasp5.2異常退出的問題
已經(jīng)有16人回復
|
OPTIC 編譯2 編譯出了optics，問題已經(jīng)不大了 首先到http://www.freeware.vasp.de/VASP/ 去下載最新版的optics和其他的一些東西。注意，其中的一些F程序似乎有語法錯誤，起碼在pgf90編譯的情況下提示出錯，它們是： smear.F的第29行，SUBROUTINE中的S寫到了第6列，同一行的換行符應該寫在第30行第7列。 error.F的第8行還有下面一個類似的地方，&字符越界，應該換到下一行做換行符用。 symlib.F缺少了sym_prec模塊，添加進去。 MODULE sym_prec USE prec REAL(q) :: TINY=1.E-5_q END MODULE 然后我很順利地用pgf90加上pgf90自己的blas和lapack編譯出了vasp。然后手動編譯error.F,prec.F,smear.F，就用pgf90 -c smear.F這樣的格式即可，產(chǎn)生相應的.o文件。然后進入optics目錄，make clean一下后，修改makefile，用和編譯vasp一樣的blas和lapack來編譯optics，成功。但是此時的vasp.4.6目錄下的 vasp是有問題的，執(zhí)行起來沒有任何輸出，讓我傷透了腦筋。用原先存著的ifort編譯的vasp計算后得到的OPTIC二進制文件optics程序執(zhí)行后介電函數(shù)實部很多nan。還是用以前pgf90編譯的vasp運行，這才沒有了問題。 optics程序需要用paw的勢，可以用USPP計算其他的東西，當要計算光學性質的時候改用pgf90編譯的vasp和paw勢即可。 OPTIC計算出來后，一定要記得cp IBZKPT KPOINTS。 程序規(guī)定要將ISMEAR設為采用Tetrahedron k mesh。因此，k點數(shù)起碼要超過4個。我計算Se supercell用的1*1*2就不行。真正要計算的時候要將K點取大。 目前來看得到的結果和CASTEP的結果類似。 |
2樓2009-08-09 13:10:11
|
optics程序incompatible number of kpoints錯誤 轉自：http://new.quantumchemistry.net/ ... .asp?ArticleID=1143 運行vasp的計算光學性質的程序optics的時候，雖然K點是用的ismear=4之后生成的IBZKPT里面的list,也生成了OPTIC文件。但是運行optics程序時有時候會出現(xiàn)以下的錯誤：incompatible number of kpoints in file KPOINTS and OPTIC。OPTCTR也有。 出現(xiàn)此錯誤的原因是vasp和optics程序的big-endian/little-endian模式不同。所謂的big/little endian是一種存儲模式，代表高位字節(jié)存在高位地址或低位地址里面。在optics和 vasp的 makefile 里面都有這樣的編譯選項 -byteswapio。 所以解決方法就是只需在vasp和optics兩個makefile里面指定相同的模式即可。具體方法為在optics的makefile里面加上或去掉 -byteswapio 選項。要么都有-byteswapio，要么都沒有，總之要保持一致。 [ Last edited by 順水 on 2009-8-9 at 13:15 ] |
3樓2009-08-09 13:10:52
4樓2009-08-09 13:11:16
6樓2009-08-09 13:15:57
7樓2009-08-09 13:21:30
8樓2009-08-09 14:39:19
9樓2009-08-09 17:14:56
10樓2009-08-10 02:15:10
14樓2009-08-10 20:48:43
15樓2009-08-11 12:18:41
18樓2009-08-17 18:21:32
20樓2009-09-04 20:00:00
22樓2009-09-29 23:57:02
23樓2009-10-13 22:42:46
25樓2010-02-06 05:11:38
26樓2010-04-08 21:09:13
27樓2010-06-29 09:17:32
28樓2011-05-03 10:09:53
★★★ 三星級,支持鼓勵
|
請問如何編譯出optics呀 我在http://www.freeware.vasp.de/VASP/ 下載。F的程序，先make一下 出了許多.o文件 ，考到optics的文件夾下 make clean一下 然后make 出現(xiàn)(cd .. ; /usr/bin/make ; cd optics) make[1]: 進入目錄“/root/VASP計算/vasp” make[1]: *** 沒有指明目標并且找不到 makefile。 停止。 make[1]: 離開目錄“/root/VASP計算/vasp” /usr/bin/make optics make[1]: 進入目錄“/root/VASP計算/vasp/optics” /usr/bin/cpp -P -C -Dkind8 -DNGXhalf -DCACHE_SIZE=1000 -DPGF90 -Davoidalloc /opt/pgi/linux86/11.5/bin/pgf90 -Mfree -O2 -tp p6 -Minline=name:KRAMERS -c optics.f NOTE: your trial license will expire in 9 days, 4.44 hours. PGF90-F-0004-Unable to open MODULE file prec.mod (optics.f: 10) PGF90/x86 Linux 11.5-0: compilation aborted make[1]: *** 請問我改怎么辦 |
29樓2011-05-17 19:42:08
30樓2011-08-31 16:09:00
31樓2013-11-22 17:30:46
32樓2013-11-22 18:21:57
★★★★★ 五星級,優(yōu)秀推薦
|
我用ifort在vasp4.6上成功編譯了optics,也用Vasp4.6成功獲得了OPTIC文件，但是 ./optics 執(zhí)行的時候出現(xiàn)報錯： scanning POSCAR, KPOINTS and OPTIC reading KPOINTS and OPTIC forrtl: severe (36): attempt to access non-existent record, unit 20, file /hpc/wdd/jobs/ZnO-jdos/opt/OPTIC Image PC Routine Line Source optics 00000000004D747D Unknown Unknown Unknown optics 00000000004D5F85 Unknown Unknown Unknown optics 0000000000483690 Unknown Unknown Unknown optics 000000000043C13F Unknown Unknown Unknown optics 000000000043B972 Unknown Unknown Unknown optics 0000000000454EC7 Unknown Unknown Unknown optics 0000000000453118 Unknown Unknown Unknown optics 0000000000417EC6 Unknown Unknown Unknown optics 0000000000409D3C Unknown Unknown Unknown optics 00000000004036EC Unknown Unknown Unknown libc.so.6 00000038CB21D994 Unknown Unknown Unknown optics 00000000004035F9 Unknown Unknown Unknown 我在optics.f文件中加了幾個write ，發(fā)現(xiàn)能夠從OPTIC中讀出總的能帶數(shù)，價帶數(shù)，導帶數(shù)以及K點數(shù)目，這證明OPTIC文件是可以讀取的，不知道為什么還會出現(xiàn)forrtl: severe (36): attempt to access non-existent record呢？期待樓主幫助 |
33樓2014-05-21 10:40:37
34樓2016-11-04 10:40:32
簡單回復
wuli85樓
2009-08-09 13:12
回復
wonderflyer11樓
2009-08-10 08:20
回復
kjl840112樓
2009-08-10 09:10
回復
zhangyunli13樓
2009-08-10 13:48
回復
md94119416樓
2009-08-11 13:32
回復
zch20375517樓
2009-08-12 17:47
回復
28220679619樓
2009-08-18 21:08
回復
順水21樓
2009-09-28 10:13
回復
freshgirl24樓
2009-10-15 16:06
回復
相關版塊跳轉
我要訂閱樓主 順水 的主題更新
| 34 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 286求調劑 +11 | PolarBear11 2026-03-26 | 11/550 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 081200-314 +3 | LILIQQ 2026-03-27 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 化學調劑 +4 | 愛吃番茄的旭 2026-03-24 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 266分求材料化工冶金礦業(yè)等專業(yè)的調劑 +4 | 哇呼哼呼哼 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 化學308分求調劑 +8 | 你好明天你好 2026-03-23 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 322求調劑 +4 | 我真的很想學習 2026-03-23 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 317求調劑 +5 | 十閑wx 2026-03-24 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 315調劑 +4 | 0860求調劑 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0703化學338求調劑！ +6 | Zuhui0306 2026-03-26 | 7/350 |
|
|
|
[考研]
材料學碩，求調劑
 6+5
|
糖葫蘆888ll 2026-03-22 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 281求調劑 +3 | 亞克西good 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 總分293求調劑 +6 | 加一一九 2026-03-25 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 085600 材料與化工 329分求調劑 +9 | Mr. Z 2026-03-25 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 332求調劑 +6 | 032500 2026-03-25 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 考研調劑 +6 | 來好運來來來 2026-03-21 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 材料與化工328分調劑 +6 | 。，。，。，。i 2026-03-23 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 求b區(qū)院校調劑 +4 | 周56 2026-03-24 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 318求調劑 +5 | plum李子 2026-03-21 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 接收2026碩士調劑(學碩+專碩) +4 | allen-yin 2026-03-23 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 求老師收我 +3 | zzh16938784 2026-03-23 | 3/150 |
|