 |
 |
 |
| 24小時(shí)熱門(mén)版塊排行榜 |
- >論壇更新日志 (5542)
- >考研 (2370)
- >導(dǎo)師招生 (2022)
- >文獻(xiàn)求助 (343)
- >蟲(chóng)友互識(shí) (331)
- >碩博家園 (173)
- >休閑灌水 (158)
- >考博 (99)
- >招聘信息布告欄 (87)
- >基金申請(qǐng) (85)
- >博后之家 (66)
- >綠色求助(高懸賞) (43)
- >論文投稿 (40)
- >材料綜合 (24)
- >外文書(shū)籍求助 (16)
- >找工作 (15)
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 11651 | 回復(fù): 33 | |||||||||||
| 【獎(jiǎng)勵(lì)】 本帖被評(píng)價(jià)19次，作者順?biāo)黾咏饚?17.5 個(gè) | |||||||||||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | |||||||||||
順?biāo)?/a>金蟲(chóng) (小有名氣)
|
[資源]
【轉(zhuǎn)帖】關(guān)于從vasp4.5、4.6計(jì)算光學(xué)性質(zhì)（組合帖）
|
||||||||||
|
一、關(guān)于VASP中光學(xué)optics.F程序的編譯(ifort+mkl) 原帖地址http://new.quantumchemistry.net/ ... ion/200512/187.html 從VASP 4.4.4和VASP.4.4.5開(kāi)始，VASP支持簡(jiǎn)單的光學(xué)性質(zhì)的計(jì)算。其具體實(shí)現(xiàn)程序是optics.F。其中一些必需的后處理程序，可以向Jürgen Furthmüller發(fā)信要。 此程序可以使用ifort和mkl編譯出來(lái)，用pgi編譯它說(shuō)optics.f語(yǔ)法錯(cuò)，不知道為什么。然后用編譯成功的程序處理已經(jīng)得出OPTIC文件的一個(gè)目錄，滿心歡喜，結(jié)果給我了這些東西： scanning POSCAR, KPOINTS and OPTIC reading KPOINTS and OPTIC set up transition energies and amplitudes DOS and joint DOS forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred Image PC Routine Line Source optics 0804A8DE Unknown Unknown Unknown optics 080502A7 Unknown Unknown Unknown optics 0804A594 Unknown Unknown Unknown libc.so.6 00314E33 Unknown Unknown Unknown optics 0804A4A1 Unknown Unknown Unknown forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred Image PC Routine Line Source libc.so.6 00360ECE Unknown Unknown Unknown libc.so.6 003614BA Unknown Unknown Unknown optics 08086FFD Unknown Unknown Unknown optics 0806A899 Unknown Unknown Unknown optics 0806C183 Unknown Unknown Unknown optics 0806B296 Unknown Unknown Unknown optics 0806D634 Unknown Unknown Unknown libpthread.so.0 0054A8A0 Unknown Unknown Unknown optics 080502A7 Unknown Unknown Unknown optics 0804A594 Unknown Unknown Unknown libc.so.6 00314E33 Unknown Unknown Unknown optics 0804A4A1 Unknown Unknown Unknown 貌似段錯(cuò)誤。 具體編譯方法是先編譯optics上一級(jí)目錄中的文件，得到prec.o constant.o error.o tet.o ，并把它們拷貝到optics目錄下。 然后再到optics目錄下編譯optics 其中makefile的頭幾行修改成如下： # THIS IS AN EXAMPLE FOR INTEL-LINUX PLATFORMS RUNNING PGF COMPILERS. CUSTOMIZE! .SUFFIXES: .inc .f .F MAKE = /usr/bin/make CPP_ = /usr/bin/cpp -P -C CPP = $(CPP_) \ -Dkind8 -DNGXhalf -DCACHE_SIZE=1000 -DPGF90 -Davoidalloc <$*.F >$*.f FC = pgf90 -Mfree DEBUG = -g -O0 OFLAG = -O2 -tp p6 DOUBLE = -r8 SINGLE = TIMING = #TIMING = -pg # binding BIND = LIB = -L../../vasp.4.lib -ldmy -L/usr/local/lib -llapack -lblas ----------------------------------------------------------------------- optics.F與vasp的版本無(wú)關(guān)，我4.5.5到4.6.25都可以編譯的過(guò)去。因?yàn)樗黮ink時(shí)，需要的 只是vasp.4.lib中的文件，而vasp.4.lib中的文件基本是不升級(jí)或更新的。 [ Last edited by wuli8 on 2009-8-12 at 18:00 ] |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專(zhuān)輯推薦
 仿真建模與計(jì)算 | 第一性原理計(jì)算資源總匯 | VASP | Optical |
| 計(jì)算-vasp | first principle | vasp光學(xué) | 模擬計(jì)算課題的學(xué)習(xí) |
| 光學(xué)性質(zhì)計(jì)算 |
» 猜你喜歡
283分材料與化工求調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
349求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
296材料專(zhuān)碩求調(diào)劑
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
一志愿上海海洋大學(xué)083200食品學(xué)碩，求調(diào)劑，接受其他專(zhuān)業(yè)
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
材料340分調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
316求調(diào)劑
已經(jīng)有13人回復(fù)
-
321求調(diào)劑
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
315求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
330分求調(diào)劑
已經(jīng)有13人回復(fù)
-
化工調(diào)劑303分，過(guò)四級(jí)
已經(jīng)有9人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- VASP中如何查看正在運(yùn)行程序的源文件
已經(jīng)有3人回復(fù)
- vasp5.2計(jì)算光學(xué)性質(zhì)
已經(jīng)有22人回復(fù)
- 介電常數(shù)計(jì)算方法
已經(jīng)有13人回復(fù)
- vasp5.2光學(xué)計(jì)算中怎么加入scissor operation?
已經(jīng)有13人回復(fù)
- vasp算出來(lái)的文件基本都是0字節(jié)的
已經(jīng)有24人回復(fù)
- 同個(gè)任務(wù)同樣的節(jié)點(diǎn)數(shù)VASP4.6能算，而VASP5.2不能
已經(jīng)有9人回復(fù)
- vasp編譯通過(guò)，前臺(tái)算ok，去qsub到后臺(tái)，找不到libmkl_lapack.so
已經(jīng)有19人回復(fù)
- 【求助】為什么vasp5.2版本用不了ave-mesh
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【求助成功】vasp5.2并行安裝不上
已經(jīng)有18人回復(fù)
- 【求助】關(guān)于vasp5.2計(jì)算色散力
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助】vasp5.2光學(xué)性質(zhì)問(wèn)題
已經(jīng)有18人回復(fù)
- 【求助完畢】IBZKPT,KPOINTS與DOS計(jì)算
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【求助】vasp5.2用B3LYP計(jì)算
已經(jīng)有21人回復(fù)
- 【求助】PBE0 計(jì)算Si、Ge能帶結(jié)構(gòu)
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 【原創(chuàng)】用pgi10.0編譯vasp5.2
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 【求助】vasp5.2異常退出的問(wèn)題
已經(jīng)有16人回復(fù)
WDD880227
木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
- 1ST強(qiáng)帖: 1
- 應(yīng)助: 25 (小學(xué)生)
- 貴賓: 0.098
- 金幣: 1348.5
- 帖子: 761
- 在線: 371.6小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 1129580
★★★★★ 五星級(jí),優(yōu)秀推薦
|
我用ifort在vasp4.6上成功編譯了optics,也用Vasp4.6成功獲得了OPTIC文件，但是 ./optics 執(zhí)行的時(shí)候出現(xiàn)報(bào)錯(cuò)： scanning POSCAR, KPOINTS and OPTIC reading KPOINTS and OPTIC forrtl: severe (36): attempt to access non-existent record, unit 20, file /hpc/wdd/jobs/ZnO-jdos/opt/OPTIC Image PC Routine Line Source optics 00000000004D747D Unknown Unknown Unknown optics 00000000004D5F85 Unknown Unknown Unknown optics 0000000000483690 Unknown Unknown Unknown optics 000000000043C13F Unknown Unknown Unknown optics 000000000043B972 Unknown Unknown Unknown optics 0000000000454EC7 Unknown Unknown Unknown optics 0000000000453118 Unknown Unknown Unknown optics 0000000000417EC6 Unknown Unknown Unknown optics 0000000000409D3C Unknown Unknown Unknown optics 00000000004036EC Unknown Unknown Unknown libc.so.6 00000038CB21D994 Unknown Unknown Unknown optics 00000000004035F9 Unknown Unknown Unknown 我在optics.f文件中加了幾個(gè)write ，發(fā)現(xiàn)能夠從OPTIC中讀出總的能帶數(shù)，價(jià)帶數(shù)，導(dǎo)帶數(shù)以及K點(diǎn)數(shù)目，這證明OPTIC文件是可以讀取的，不知道為什么還會(huì)出現(xiàn)forrtl: severe (36): attempt to access non-existent record呢？期待樓主幫助 |
33樓2014-05-21 10:40:37
順?biāo)?/a>
金蟲(chóng) (小有名氣)
- 1ST強(qiáng)帖: 1
- 應(yīng)助: 4 (幼兒園)
- 金幣: 771.3
- 帖子: 211
- 在線: 44小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 822811
|
OPTIC 編譯2 編譯出了optics，問(wèn)題已經(jīng)不大了 首先到http://www.freeware.vasp.de/VASP/ 去下載最新版的optics和其他的一些東西。注意，其中的一些F程序似乎有語(yǔ)法錯(cuò)誤，起碼在pgf90編譯的情況下提示出錯(cuò)，它們是： smear.F的第29行，SUBROUTINE中的S寫(xiě)到了第6列，同一行的換行符應(yīng)該寫(xiě)在第30行第7列。 error.F的第8行還有下面一個(gè)類(lèi)似的地方，&字符越界，應(yīng)該換到下一行做換行符用。 symlib.F缺少了sym_prec模塊，添加進(jìn)去。 MODULE sym_prec USE prec REAL(q) :: TINY=1.E-5_q END MODULE 然后我很順利地用pgf90加上pgf90自己的blas和lapack編譯出了vasp。然后手動(dòng)編譯error.F,prec.F,smear.F，就用pgf90 -c smear.F這樣的格式即可，產(chǎn)生相應(yīng)的.o文件。然后進(jìn)入optics目錄，make clean一下后，修改makefile，用和編譯vasp一樣的blas和lapack來(lái)編譯optics，成功。但是此時(shí)的vasp.4.6目錄下的 vasp是有問(wèn)題的，執(zhí)行起來(lái)沒(méi)有任何輸出，讓我傷透了腦筋。用原先存著的ifort編譯的vasp計(jì)算后得到的OPTIC二進(jìn)制文件optics程序執(zhí)行后介電函數(shù)實(shí)部很多nan。還是用以前pgf90編譯的vasp運(yùn)行，這才沒(méi)有了問(wèn)題。 optics程序需要用paw的勢(shì)，可以用USPP計(jì)算其他的東西，當(dāng)要計(jì)算光學(xué)性質(zhì)的時(shí)候改用pgf90編譯的vasp和paw勢(shì)即可。 OPTIC計(jì)算出來(lái)后，一定要記得cp IBZKPT KPOINTS。 程序規(guī)定要將ISMEAR設(shè)為采用Tetrahedron k mesh。因此，k點(diǎn)數(shù)起碼要超過(guò)4個(gè)。我計(jì)算Se supercell用的1*1*2就不行。真正要計(jì)算的時(shí)候要將K點(diǎn)取大。 目前來(lái)看得到的結(jié)果和CASTEP的結(jié)果類(lèi)似。 |
2樓2009-08-09 13:10:11
順?biāo)?/a>
金蟲(chóng) (小有名氣)
- 1ST強(qiáng)帖: 1
- 應(yīng)助: 4 (幼兒園)
- 金幣: 771.3
- 帖子: 211
- 在線: 44小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 822811
|
optics程序incompatible number of kpoints錯(cuò)誤 轉(zhuǎn)自：http://new.quantumchemistry.net/ ... .asp?ArticleID=1143 運(yùn)行vasp的計(jì)算光學(xué)性質(zhì)的程序optics的時(shí)候，雖然K點(diǎn)是用的ismear=4之后生成的IBZKPT里面的list,也生成了OPTIC文件。但是運(yùn)行optics程序時(shí)有時(shí)候會(huì)出現(xiàn)以下的錯(cuò)誤：incompatible number of kpoints in file KPOINTS and OPTIC。OPTCTR也有。 出現(xiàn)此錯(cuò)誤的原因是vasp和optics程序的big-endian/little-endian模式不同。所謂的big/little endian是一種存儲(chǔ)模式，代表高位字節(jié)存在高位地址或低位地址里面。在optics和 vasp的 makefile 里面都有這樣的編譯選項(xiàng) -byteswapio。 所以解決方法就是只需在vasp和optics兩個(gè)makefile里面指定相同的模式即可。具體方法為在optics的makefile里面加上或去掉 -byteswapio 選項(xiàng)。要么都有-byteswapio，要么都沒(méi)有，總之要保持一致。 [ Last edited by 順?biāo)?on 2009-8-9 at 13:15 ] |
3樓2009-08-09 13:10:52
順?biāo)?/a>
金蟲(chóng) (小有名氣)
- 1ST強(qiáng)帖: 1
- 應(yīng)助: 4 (幼兒園)
- 金幣: 771.3
- 帖子: 211
- 在線: 44小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 822811
|
VASP光學(xué)計(jì)算輸入文件 先用ISMEAR=-4 or -5，INCAR里面設(shè)置LOPTICS=.TRUE.即可。注意要用paw的勢(shì)才行。 然后cp IBZKPT KPOINTS，建立一個(gè)叫OPTCTR的文件，里面寫(xiě)一些控制參數(shù)，一個(gè)很簡(jiǎn)單的例子是： OMMIN = 0 OMMAX = 20 NEDOS = 1000 ISYMM = 1 LJDOS = .TRUE. LDOS = .FALSE. LKRAMERS = .TRUE. GAMMA = 0.2 最后運(yùn)行那個(gè)optics程序即可。 |
4樓2009-08-09 13:11:16
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 296材料專(zhuān)碩求調(diào)劑 +10 | 202451007219 2026-04-02 | 11/550 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 316求調(diào)劑 +12 | 舟自梗 2026-04-01 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 336求調(diào)劑 +6 | kiyy 2026-04-01 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 學(xué)碩化學(xué)工程與技術(shù)，一志愿中國(guó)海洋大學(xué)320+求調(diào)劑 +8 | 披星河 2026-04-02 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 301求調(diào)劑 +14 | 駱駝男人 2026-04-02 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 材料專(zhuān)業(yè)求調(diào)劑 +10 | 月月鳥(niǎo)木 2026-04-01 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 271求調(diào)劑 +15 | 勒布朗@ 2026-03-31 | 20/1000 |
|
|
|
[考研] 272求調(diào)劑，接受跨專(zhuān)業(yè)調(diào)劑！ +4 | 閑魚(yú)盧 2026-03-31 | 4/200 |
|
|
|
[基金申請(qǐng)] esi高被引論文是不是能對(duì)中標(biāo)有所加分和幫助呢 +4 | redcom 2026-04-01 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 274求調(diào)劑 +8 | 薛定諤的虎。 2026-04-01 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 土木304求調(diào)劑 +6 | 兔突突突， 2026-03-31 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 英一數(shù)二生物信息學(xué)287分，本科生物科學(xué)，求調(diào)劑 +3 | 碧水xyz 2026-03-29 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿鄭大085600，310分求調(diào)劑 +6 | 李瀟可 2026-03-26 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑申請(qǐng) +8 | 張張張張zy 2026-03-31 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 本科211安全工程，初試290分，求調(diào)劑 +3 | 2719846834 2026-03-28 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 293求調(diào)劑 +3 | 末未mm 2026-03-30 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 298求調(diào)劑 +3 | 種圣賜 2026-03-29 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +7 | 爭(zhēng)取九點(diǎn)睡 2026-03-28 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 272求調(diào)劑 +7 | 腳滑的守法公民 2026-03-27 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 324求調(diào)劑 +5 | hanamiko 2026-03-26 | 5/250 |
|