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gql119銅蟲 (小有名氣)
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[交流]
【討論】用syby分子對接 求吉布斯自由能 已有8人參與
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用sybyl分子對接小分子和生物大分子后，如何求它們的吉布斯自由能？或軟件上如何操作才能得到這個值？l [ Last edited by gql119 on 2010-4-25 at 11:11 ] |
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3樓2010-04-25 19:28:50
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小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
lei0736(金幣+3):謝謝 2010-05-06 20:07:58
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lei0736(金幣+3):謝謝 2010-05-06 20:07:58
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你可以運(yùn)用sybyl得到分子初始構(gòu)型后,用tripos力場和 Gasteiger marsili電荷優(yōu)化分子的幾何結(jié)構(gòu). 之后你再采用Autodock中的Lamarckian遺傳算法(LGA)來計算配體與 大分子結(jié)合的可能構(gòu)象,利用Auto2dock軟件討論配體和大分子的之間的作用模式 在對接過程中,考慮化合物的多個構(gòu)象,結(jié)合自由能最低的構(gòu)象再做進(jìn)一步的分析 |
10樓2010-05-06 09:18:32
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