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[交流]
【求助】蛋白質(zhì)的RMSD均方根差指的是什么 已有6人參與
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the root-mean-square deviation (rmsd):均方根差，近期看了篇蛋白質(zhì)進入碳納米管的文章，里面有一個蛋白質(zhì)的rmsd示意圖，用的軟件是namd， 我想問一下，這里的均方根差代表的物理圖像是什么啊，指的是蛋白質(zhì)質(zhì)心運動對蛋白質(zhì)質(zhì)心坐標(biāo)平均值的離散度，還是各蛋白質(zhì)殘基坐標(biāo)對質(zhì)心的坐標(biāo)離散度�。� 謝謝參與和指點啊 |
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 amber | gromacs |
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8樓2013-05-21 16:22:12
yalefield
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ghcacj(金幣+3):謝謝 2010-05-12 13:19:35
574384607(金幣+3): 2010-05-12 15:37:03
ghcacj(金幣+3):謝謝 2010-05-12 13:19:35
574384607(金幣+3): 2010-05-12 15:37:03
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簡單地說，就是蛋白質(zhì)上的原子們，在各個時間上的位置的變化情況。 原子i在t1時的位置 - 原子i在t2時的位置，得到原子i的位置變化 計算其平方 ..... 把多個原子(i=1...N)的這個平方，都加起來 除以原子數(shù)，得到所謂“均方” 開方 搞成平方，是為了避免出現(xiàn)負(fù)值 再開方，是為了得到長度的量綱 一種簡單的小技巧而已 你也可以自己發(fā)明類似的算法 [ Last edited by yalefield on 2010-5-12 at 12:05 ] |
2樓2010-05-12 12:04:17
3樓2010-05-12 15:44:03
qzhaosdu
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4樓2010-05-12 21:18:28
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