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| 【獎勵】 本帖被評價8次，作者nkleof增加金幣 7.5 個 | |||||
[資源]
【分享】處理DOSCAR文件的腳本和程序
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根據(jù)JMS NRL的split_dos腳本稍做修改，使得能夠處理從s到d所有18個軌道（包括自旋上下）的DOSCAR，生成每個原子的軌道態(tài)密度，然后自己寫了一個C程序，可以把同類原子的p軌道和d的t2g，eg軌道分別求和生成新的軌道態(tài)密度文件。適用于對含過渡金屬元素體系的電子態(tài)密度進(jìn)行處理，可以很方便的得到p軌道和t2g，eg軌道的總態(tài)密度。 使用方法： 僅限linux平臺 1、把三個腳本程序解壓后放到一個/bin目錄并把路徑添加到環(huán)境變量里（或者把三個文件都放到要處理的數(shù)據(jù)所在目錄）。 2、鍵入split_dos.ksh運行分解DOSCAR的腳本，得到體系總的和每個原子的分波態(tài)密度。 3、鍵入sumdos *1 *2 *3執(zhí)行求p以及t2g，eg軌道態(tài)密度和，其中*1, *2, *3為三個參數(shù)，依次為要處理的元素符號（如Fe），起始原子序號，最終原子序號（比如Fe原子在POSCAR里面是第5到13號原子，則*2和*3分別為5 13）。 http://d.namipan.com/d/bd4ee2bb9 ... 5c2334a0697fb150000 注意！�。。。簊umdos的使用僅限于t2g和eg分別簡并得很好的情況，即它們內(nèi)部不再分裂，因為程序只是簡單的把dxy, dyz, dzx和dz2, dx2分別加起來！如果有較強退簡并情況，如晶體形變造成t2g和eg再分裂，請勿用此程序！ [ Last edited by nkleof on 2010-5-24 at 11:14 ] |
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2樓2010-05-24 11:42:09
3樓2010-05-25 09:09:23
4樓2010-05-25 09:13:25
5樓2010-05-25 10:05:40
7樓2010-05-25 22:31:35
8樓2010-05-26 07:10:32
9樓2010-05-26 08:09:31
10樓2010-05-26 08:28:46
11樓2010-05-26 10:34:34
★ ★
zzy870720z(金幣+2):感謝解答 2010-05-26 17:59:34
zzy870720z(金幣+2):感謝解答 2010-05-26 17:59:34
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我看過他的回帖，實際上就是，假如把dxy, dyz, dzx, dx2, dz2看作5個線性無關(guān)項，那么當(dāng)vasp所采用的坐標(biāo)系不和所定義的x, y, z重合時，輸出的5個軌道可以看做是這5個軌道的線性組合。我不確定vasp是不是會采用一套很特別的坐標(biāo)系，但是我通常建模型都是用內(nèi)坐標(biāo)也就是direct模式，所以得到的結(jié)果應(yīng)該是xyz就是晶體場坐標(biāo)。 我寫的那個sumdos程序只是對特定的幾列進(jìn)行簡單加和，所以只適用于特定情況，否則不保證加出來的t2g和eg正確。我在尖晶石結(jié)構(gòu)中使用過，是適用于內(nèi)坐標(biāo)建模的尖晶石結(jié)構(gòu)的。 因此提醒注意，如果使用那個程序，應(yīng)在使用前看看10和11，12和13，16和17這三組列數(shù)據(jù)（分別對應(yīng)自旋向上和向下）是不是對應(yīng)簡并的t2g三個軌道態(tài)密度，14和15，18和19這兩組列數(shù)據(jù)是不是對應(yīng)eg軌道態(tài)密度。 [ Last edited by nkleof on 2010-5-26 at 17:14 ] |
12樓2010-05-26 14:55:55
13樓2010-05-26 22:15:33
14樓2010-05-27 10:31:22
15樓2010-07-30 15:12:08
16樓2010-09-02 17:03:12
17樓2010-09-05 20:08:11
18樓2010-09-06 10:17:32
19樓2010-10-09 16:14:06
20樓2018-07-10 21:38:29
簡單回復(fù)
2010-05-25 14:07
回復(fù)
贊。。。。。
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