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nkleof

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[資源] 【分享】態(tài)密度處理程序

之前發(fā)過一個簡單版本的態(tài)密度處理程序，這次更新一下。

split_dos.ksh是根據(jù)JMS NRL的腳本改的，其它程序是我自己寫的。

用法：只能在linux系統(tǒng)下，鍵入各個程序名稱運行就可以，如果遇到平臺問題，sumdos程序無法執(zhí)行，可以用
gcc -lm sum.c
編譯源文件產(chǎn)生可執(zhí)行程序。

運行split_dos.ksh會讀取DOSCAR，并生成總的態(tài)密度DOS0和各個原子的各軌道態(tài)密度DOS1~DOSn。（這里注意在計算DOS時INCAR文件里的NEDOS不要設置為>9999，五位數(shù)的NEDOS值會造成錯誤）
然后運行sumdos可以產(chǎn)生按照特定原子特定軌道模式生成的態(tài)密度和（注意：適用于ISPIN=2的計算結果，即DOSCAR里面共有有20列數(shù)據(jù)）。
例：
sumdos name -t 1 2 3
sumdos是程序名稱，name是一個自定義字符串，會加在生成的文件名里，可以作為說明（但是長度只有8個字符），-t表示生成各個軌道的態(tài)密度和，（還有兩種模式: -n 表示不加和各軌道態(tài)密度，仍舊生成從s到d各個軌道的態(tài)密度； -d 表示把p軌道，eg軌道，t2g軌道各自加和。��！仍然注意，和上次一樣，這里的eg指的是第14、15和18、19列數(shù)據(jù)，t2g是剩下的3列數(shù)據(jù)，如果有各個d軌道不是按照這樣排列的情形則生成的就不是eg和t2g），后面的數(shù)字表示要加和的原子標號。上面的例子就是把第1、2、3號原子的所有軌道的態(tài)密度全部加起來。程序支持采用 n~m 形式表示要處理的第n到m個標號連續(xù)的原子，例如要處理13到26號原子時，不需要一個一個寫出原子標號，只需要寫 13~26 就可以。

附送一個將CONTCAR文件轉換為可導入Materials Studio的cif文件的程序，使用很簡單，只需要在linux下，vasp任務的計算文件夾下，運行exe_Ctocif，程序會自動尋找CONTCAR和POTCAR，并生成cif文件。另外也支持在只有POSCAR文件時轉換為cif，但這時需要手動輸入元素名稱。（！！注意：如果是vasp5版本的CONTCAR，請先刪除其中的元素符號那一行。）
例如：
exe_Ctocif
exe_Ctocif POSCAR Si O
這兩種方式都可以，前一種自動從贗勢里找元素名稱，后一種手動輸入元素名。
http://ishare.iask.sina.com.cn/f/9316742.html

[ Last edited by nkleof on 2010-8-16 at 11:10 ]

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1樓 2010-08-16 10:50:03

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你好，這個可以在VASP5.2下分裂DOSCAR嗎？？誰有這程序��？？

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17樓2014-03-27 11:27:59

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試了一下exe_Ctocif 出現(xiàn) 浮點數(shù)例外的問題！

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2樓2010-08-16 10:57:56

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nkleof

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Originally posted by vaspnew at 2010-08-16 10:57:56:
試了一下exe_Ctocif 出現(xiàn) 浮點數(shù)例外的問題！

這個忘了說了，由于vasp5的CONTCAR里面包含一行元素符號，而程序設計時沒有考慮，所以如果是vasp5的CONTCAR，請在執(zhí)行轉換前，刪除那一行。

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3樓2010-08-16 11:09:21

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linux用不來

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split_dos源代碼中的邏輯關系理清楚沒？form=0/1，
及
# Total is first DOS
if [ $form -eq 0 ]; then
i=0
else
i=0
fi
這個沒理解為什么要這樣寫。

還有后面的
while [ $i -le 0 ]; do

#echo $i $start $end

if [ $i -gt 0 ]; then
sed -n ''$i' p' tmp.dat2 >| DOS$i
fi

if [ $i -gt 0 ]; then
這個循環(huán)從i<=0開始，但是上面無論怎樣，看起來i的初值是0呢。為什么這樣做循環(huán)呢？奇怪，好像可以大量簡化，即刪掉while [ $i -le 0 ]這段循環(huán)。
你說呢？

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6樓2010-08-16 14:38:36

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Originally posted by cenwanglai at 2010-08-16 14:38:36:
支持分享和原創(chuàng)。

split_dos源代碼中的邏輯關系理清楚沒？form=0/1，
及
# Total is first DOS
if [ $form -eq 0 ]; then
i=0
else
i=0
fi
這個沒理解為什么要這樣寫。

還有后面的
while [ $i -l ...

嗯，歡迎修改，不過這個腳本不是我寫的，我也只改動了其中判斷并處理LORBIT>10的部分，使得腳本適合于處理含20列數(shù)據(jù)的情況。
其它部分還沒仔細看，歡迎找出bug并把它完善。

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7樓2010-08-16 14:48:47

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牛：）~！

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8樓2010-08-16 15:49:42

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恩，頂下，還不錯！

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好東西，頂一下。

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Originally posted by nkleof at 2010-08-16 10:50:03:
之前發(fā)過一個簡單版本的態(tài)密度處理程序，這次更新一下。

split_dos.ksh是根據(jù)JMS NRL的腳本改的，其它程序是我自己寫的。

用法：只能在linux系統(tǒng)下，鍵入各個程序名稱運行就可以，如果遇到平臺問題，sumdos ...

我的有300左右個原子呢，如果分一下，都出來的話，找也找不到，那怎么辦呢？而且對于這種作圖特別麻煩，有什么好的建議嗎??

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