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[資源]
【分享】態(tài)密度處理程序
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之前發(fā)過(guò)一個(gè)簡(jiǎn)單版本的態(tài)密度處理程序，這次更新一下。 split_dos.ksh是根據(jù)JMS NRL的腳本改的，其它程序是我自己寫的。 用法：只能在linux系統(tǒng)下，鍵入各個(gè)程序名稱運(yùn)行就可以，如果遇到平臺(tái)問題，sumdos程序無(wú)法執(zhí)行，可以用 gcc -lm sum.c 編譯源文件產(chǎn)生可執(zhí)行程序。 運(yùn)行split_dos.ksh會(huì)讀取DOSCAR，并生成總的態(tài)密度DOS0和各個(gè)原子的各軌道態(tài)密度DOS1~DOSn。（這里注意在計(jì)算DOS時(shí)INCAR文件里的NEDOS不要設(shè)置為>9999，五位數(shù)的NEDOS值會(huì)造成錯(cuò)誤） 然后運(yùn)行sumdos可以產(chǎn)生按照特定原子特定軌道模式生成的態(tài)密度和（注意：適用于ISPIN=2的計(jì)算結(jié)果，即DOSCAR里面共有有20列數(shù)據(jù)）。 例： sumdos name -t 1 2 3 sumdos是程序名稱，name是一個(gè)自定義字符串，會(huì)加在生成的文件名里，可以作為說(shuō)明（但是長(zhǎng)度只有8個(gè)字符），-t表示生成各個(gè)軌道的態(tài)密度和，（還有兩種模式: -n 表示不加和各軌道態(tài)密度，仍舊生成從s到d各個(gè)軌道的態(tài)密度； -d 表示把p軌道，eg軌道，t2g軌道各自加和。��！仍然注意，和上次一樣，這里的eg指的是第14、15和18、19列數(shù)據(jù)，t2g是剩下的3列數(shù)據(jù)，如果有各個(gè)d軌道不是按照這樣排列的情形則生成的就不是eg和t2g），后面的數(shù)字表示要加和的原子標(biāo)號(hào)。上面的例子就是把第1、2、3號(hào)原子的所有軌道的態(tài)密度全部加起來(lái)。程序支持采用 n~m 形式表示要處理的第n到m個(gè)標(biāo)號(hào)連續(xù)的原子，例如要處理13到26號(hào)原子時(shí)，不需要一個(gè)一個(gè)寫出原子標(biāo)號(hào)，只需要寫 13~26 就可以。 附送一個(gè)將CONTCAR文件轉(zhuǎn)換為可導(dǎo)入Materials Studio的cif文件的程序，使用很簡(jiǎn)單，只需要在linux下，vasp任務(wù)的計(jì)算文件夾下，運(yùn)行exe_Ctocif，程序會(huì)自動(dòng)尋找CONTCAR和POTCAR，并生成cif文件。另外也支持在只有POSCAR文件時(shí)轉(zhuǎn)換為cif，但這時(shí)需要手動(dòng)輸入元素名稱。（��！注意：如果是vasp5版本的CONTCAR，請(qǐng)先刪除其中的元素符號(hào)那一行。） 例如： exe_Ctocif exe_Ctocif POSCAR Si O 這兩種方式都可以，前一種自動(dòng)從贗勢(shì)里找元素名稱，后一種手動(dòng)輸入元素名。 http://ishare.iask.sina.com.cn/f/9316742.html [ Last edited by nkleof on 2010-8-16 at 11:10 ] |
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17樓2014-03-27 11:27:59
2樓2010-08-16 10:57:56
3樓2010-08-16 11:09:21
4樓2010-08-16 11:15:26
5樓2010-08-16 12:02:14
cenwanglai
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支持分享和原創(chuàng)。 split_dos源代碼中的邏輯關(guān)系理清楚沒？form=0/1， 及 # Total is first DOS if [ $form -eq 0 ]; then i=0 else i=0 fi 這個(gè)沒理解為什么要這樣寫。 還有后面的 while [ $i -le 0 ]; do #echo $i $start $end if [ $i -gt 0 ]; then sed -n ''$i' p' tmp.dat2 >| DOS$i fi if [ $i -gt 0 ]; then 這個(gè)循環(huán)從i<=0開始，但是上面無(wú)論怎樣，看起來(lái)i的初值是0呢。為什么這樣做循環(huán)呢？奇怪，好像可以大量簡(jiǎn)化，即刪掉while [ $i -le 0 ]這段循環(huán)。 你說(shuō)呢？ |
6樓2010-08-16 14:38:36
7樓2010-08-16 14:48:47
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