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[交流]
【求助/交流】生物小實驗求助 已有3人參與
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| 請問，我要篩8個物種的SSR引物通用性及多態(tài)性。我現(xiàn)在打算先隨機拿一個物種出來進行初篩，然后分析這個物種的引物在其他物種中的通用性。那我PCR的時候，每個PCR體系和程序會要變嗎？每一個都要優(yōu)化嗎？還有聚丙烯酰胺的電泳圖怎么看呢？怎么分析多態(tài)性呢？非常之感謝啊 |
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liyong1981 
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4樓2010-05-28 16:29:59
liyong1981
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yujiaping1
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小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
scelab(金幣+5):熱心蟲友，歡迎多來交流~~~:tiger06::tiger28::tiger23: 2010-05-30 21:19:32
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scelab(金幣+5):熱心蟲友，歡迎多來交流~~~:tiger06::tiger28::tiger23: 2010-05-30 21:19:32
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我覺得你現(xiàn)在這個實驗設(shè)計的就有點問題，你不能拿其中一個物種來初篩，這樣很有可能，原本在其他物種中可以成功擴增的引物，因為在這個物種中無法擴增而被你拋棄。 所以，我認為目前最合理的方法是將八個物種的DNA混合，獲得基因池，用基因池來篩選引物，這樣就不會出現(xiàn)漏掉某個引物的情況了。 PCR體系對于微衛(wèi)星來說，使用酶說明書的肯定沒有任何問題，基本不需要調(diào)整 PCR程序需要優(yōu)化，退火溫度需要調(diào)整，每個引物都有自己特異的溫度，這是做微衛(wèi)星相對麻煩的地方，如果你的PCR儀帶梯度，相對就簡單一些。建議你做降落PCR，5度一篩基本上該能跑出來的都應(yīng)該能跑出來，會簡便很多 篩選微衛(wèi)星引物的原則： 1、目的大小處，有一條或兩條帶就算相對較好的引物（沒有雜帶最好，如果雜帶相距較遠，也可以忽略） 2、沒有擴增出條帶的引物，降低退火溫度，如果溫度已降至45度以下仍無法成功擴增該位點，拋棄該引物，如果還想獲得該位點，就需要重新設(shè)計引物 3、擴增條帶模糊或者較淺的引物，稍微降低退火溫度即可 4、擴增出現(xiàn)雜帶的引物，適當(dāng)升高退火溫度 5、如果所有個體都出相同的一條帶，被視為無多態(tài)性的位點，通常拋棄該位點（當(dāng)然，不同的實驗?zāi)康目赡軟]有多態(tài)的位點也是有意義的） [ Last edited by yujiaping1 on 2010-5-30 at 21:22 ] |
6樓2010-05-30 17:58:23
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