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[交流]
【求助/交流】求助，求助同源性計(jì)算 已有2人參與
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| 求助。各位高人，您們好。 蝦米有個(gè)問題跪求大家?guī)椭?nbsp; 我分離到的幾十個(gè)不同屬的菌。測(cè)了its序列。 在計(jì)算同源性的時(shí)候出了問題。 問題是，如果把幾十個(gè)菌核他們的相似序列放在一起共同計(jì)算的話，例如1號(hào)菌和它對(duì)于的菌的同源性為97.6%，98.7%。如果就是單獨(dú)拿著三個(gè)菌計(jì)算同源性的話，同源性結(jié)果又不一樣，有變化，那么我到底是用全部菌來一起算的數(shù)據(jù)，還是用單獨(dú)三個(gè)菌算的數(shù)據(jù)？ 以那個(gè)為準(zhǔn)則？ 謝謝！ |
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2樓2010-06-09 00:41:04
reasonspare
木蟲 (著名寫手)
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1949stone(金幣+2):夠細(xì)致 2010-06-09 11:43:26
1949stone(金幣+2):夠細(xì)致 2010-06-09 11:43:26
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你這個(gè)問題很常見，這也就是所說，你對(duì)這些菌的背景了解多少，有沒有已知進(jìn)化的報(bào)道，進(jìn)而通過引入標(biāo)準(zhǔn)菌株進(jìn)行同源性分析。也就是你需要參照物。 在同源性分析中如果沒有參比菌株的話，通俗的講如果所有的菌株有相同的機(jī)會(huì)的話（各為獨(dú)立個(gè)體，作為參照物與其他相比），其結(jié)果會(huì)相差很遠(yuǎn)，但是如果認(rèn)為地拿某一個(gè)與其他的相比，這樣又缺乏科學(xué)性（為什么不拿其他的？）／ 當(dāng)然，在沒有參考物，你也能得到一個(gè)同源性，但是這同源性的相對(duì)（沒有進(jìn)化意義上的方向性：父－〉子，還是子－〉父，而是說明兩者的多大的不同或相似） |
3樓2010-06-09 06:21:39
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