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wangqk198738金蟲 (正式寫手)
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[交流]
【求助】弱弱的問(wèn)大家一下什么軟件做分子模擬最好 已有4人參與
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| 俺是學(xué)蛋白質(zhì)的,剛剛?cè)氲啦痪,接下?lái)的發(fā)展要抽蛋白,還要結(jié)果預(yù)測(cè),因此先到了做分子模擬,大家不知道有什么好的軟件,拿來(lái)給小弟分享一下。謝了哈!有獎(jiǎng)勵(lì)的。! |
金蟲 (著名寫手)
劉蘇州
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主流蛋白質(zhì)軟件有四個(gè), charmm, amber, gromacs 和namd 前兩者都是資格很老很老的軟件, 且有原配力場(chǎng). 在歐美老牌的課題組中使用很廣泛 缺點(diǎn) 速度慢, 收費(fèi)(幾百美/歐), 是象牙塔中的軟件 后兩者是后起之秀青出于藍(lán) gmx 速度極快, 分析工具眾多 但較為封閉, 力場(chǎng)和文件格式都是自己的 namd 兼容多種文件格式和力場(chǎng), 在大規(guī)模集群上表現(xiàn)優(yōu)異 且更有vmd 系出同門, 已實(shí)現(xiàn)同namd 的無(wú)縫連接 Accelrys 也有些不錯(cuò)的蛋白質(zhì)模擬模塊, 但動(dòng)輒上百萬(wàn)的價(jià)格不是什么人都承受得了 |
至尊木蟲 (著名寫手)
木蟲 (正式寫手)
銀蟲 (小有名氣)
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