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wangqk198738金蟲 (正式寫手)
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[交流]
【求助】弱弱的問大家一下什么軟件做分子模擬最好 已有4人參與
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| 俺是學蛋白質(zhì)的，剛剛?cè)氲啦痪茫酉聛淼陌l(fā)展要抽蛋白，還要結(jié)果預測，因此先到了做分子模擬，大家不知道有什么好的軟件，拿來給小弟分享一下。謝了哈！有獎勵的！��！ |
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britney137803
至尊木蟲 (著名寫手)
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- 專業(yè): 食品科學基礎(chǔ)
3樓2010-06-11 15:57:23
bay__gulf
金蟲 (著名寫手)
劉蘇州
- 模擬EPI: 8
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- 專業(yè): 理論和計算化學
- 管轄: 分子模擬
★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金幣+5):謝謝 2010-06-11 13:43:34
wangqk198738(金幣+3):謝謝了，要是能提供軟件鏈接跟好了，Thank you ! 2010-06-12 09:36:21
ghcacj(金幣+5):謝謝 2010-06-11 13:43:34
wangqk198738(金幣+3):謝謝了，要是能提供軟件鏈接跟好了，Thank you ! 2010-06-12 09:36:21
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主流蛋白質(zhì)軟件有四個, charmm, amber, gromacs 和namd 前兩者都是資格很老很老的軟件, 且有原配力場. 在歐美老牌的課題組中使用很廣泛 缺點 速度慢, 收費(幾百美/歐), 是象牙塔中的軟件 后兩者是后起之秀青出于藍 gmx 速度極快, 分析工具眾多 但較為封閉, 力場和文件格式都是自己的 namd 兼容多種文件格式和力場, 在大規(guī)模集群上表現(xiàn)優(yōu)異 且更有vmd 系出同門, 已實現(xiàn)同namd 的無縫連接 Accelrys 也有些不錯的蛋白質(zhì)模擬模塊, 但動輒上百萬的價格不是什么人都承受得了 |
2樓2010-06-11 11:45:12
tianlus1632
木蟲 (正式寫手)
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- 注冊: 2008-10-10
- 專業(yè): 作物種質(zhì)資源與遺傳育種學
4樓2010-06-11 16:12:39
5樓2010-06-12 02:36:47
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