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【求助】gromacs的并行計(jì)算
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擬在UBUNTU9.10下進(jìn)行GROMACS的并行計(jì)算，單核運(yùn)算沒有問題，速度大概是0.48ns/day.現(xiàn)在想進(jìn)行四核并行計(jì)算，因此從UBUNTU源里下載了GROMACS-LAM,以及相關(guān)的庫，安裝完成后在目錄下創(chuàng)建host文件，輸入localhost cpu=4.運(yùn)行l(wèi)amboot -v host。接著輸入mpirun -np 4 mdrun XX,利用top指令檢測(cè)cpu的使用情況，發(fā)現(xiàn)并行時(shí)，每個(gè)核的運(yùn)行效率均為75%左右，分子動(dòng)力學(xué)模擬的時(shí)間與單核差不多，應(yīng)該是并行未成功，推測(cè)有幾個(gè)可能： 1. LAM默認(rèn)是rsh通訊，而我的是SSH，是否需要在bashrc文件里添加相應(yīng)的環(huán)境變量？ 2. 之前的grompp是否需要指定 -np 4?我在做的時(shí)候沒有加這個(gè)指令？ 3. lam能否識(shí)別localhost,還是必須改成ip地址，我們實(shí)驗(yàn)室的是自動(dòng)獲取IP,是否可以用127.0.0.1代替？ 大家還有沒有別的意見？歡迎指教~ |
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yipan01
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2樓2010-11-15 22:48:46
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