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ruthxu金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
Gromacs 中 PME 的用法
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在看文獻(xiàn)時(shí)，有一段關(guān)于cutoff的設(shè)定的內(nèi)容，如下： For Lennard-Jones interactions, a cutoff at 1.4 nm was applied, while electrostatic interactions were treated with the particle mesh Ewald (PME) method and a realspace cutoff of 0.9 nm. A larger than usual Lennard-Jones cutoff was used in order to increase the accuracy of the van der Waals interactions. Electrostatic interactions were treated with the PME method, which does not introduce artificial ordering like cutoff methods. The real-space cutoff of 0.9 nm used with the PME method is merely a numerical device in order to separate the direct- and reciprocal-space sums. Long-range dispersion corrections for energy and pressure were applied. 通過(guò)上述內(nèi)容，在mdp文件中如何具體的設(shè)置呢？ 從這個(gè)問(wèn)題中發(fā)現(xiàn)，在使用PME 時(shí)對(duì)于 rlist， rcoulomb， fourierspacing 的設(shè)定很困惑，希望高手可以解答一下！ 有相同問(wèn)題的，可以一起討論一下！ |
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 gromacs |
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ruthxu(金幣+10): 很感謝！ 我的設(shè)定也是這樣的，可師兄認(rèn)為 rlist=rcoulom=rvdw=1.4 而fourierspacing=0.9，我覺(jué)得不對(duì)可又講不出哪里不對(duì)。 2011-07-15 08:17:42
zh1987hs(金幣+5): 謝謝 2011-07-15 22:56:37
zh1987hs(金幣+5): 謝謝 2011-07-15 22:57:06
ruthxu(金幣+10): 很感謝！ 我的設(shè)定也是這樣的，可師兄認(rèn)為 rlist=rcoulom=rvdw=1.4 而fourierspacing=0.9，我覺(jué)得不對(duì)可又講不出哪里不對(duì)。 2011-07-15 08:17:42
zh1987hs(金幣+5): 謝謝 2011-07-15 22:56:37
zh1987hs(金幣+5): 謝謝 2011-07-15 22:57:06
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按文獻(xiàn)里說(shuō)的，我感覺(jué)mdp文件應(yīng)該是這樣吧。 rlist=0.9 vdwtype=cut-off rvdw=1.4 DispCorr=EnerPres coulombtype=PME rcoulomb=0.9 對(duì)于PME方法，應(yīng)該rlist=rcoulomb。在可選的范圍內(nèi)，rlist越大，計(jì)算結(jié)果越精確，但過(guò)大的rlist值會(huì)影響計(jì)算效率的。主要看你的體系總體勢(shì)能函數(shù)隨距離變化的衰減速度，衰減快可以取小些，衰減慢就要適當(dāng)取大些。 至于fourierspacing，我也說(shuō)不太好，一般情況下用默認(rèn)值。感覺(jué)其他條件不變，fourierspacing越小，PME方法的結(jié)果應(yīng)該越精確，但過(guò)小就會(huì)影響計(jì)算的效率。0.1～0.12的設(shè)定應(yīng)該是可以接受的。另為，手冊(cè)上說(shuō)同時(shí)增大或減小rcoulomb和fourierspacing，靜電勢(shì)的計(jì)算精度不變的。 |
2樓2011-07-15 00:42:32
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5樓2011-07-15 16:36:30
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6樓2011-07-17 09:53:03
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