 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1984 | 回復(fù): 5 | |||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | |||
ruthxu金蟲 (正式寫手)
|
[求助]
Gromacs 中 PME 的用法
|
||
|
在看文獻(xiàn)時(shí)，有一段關(guān)于cutoff的設(shè)定的內(nèi)容，如下： For Lennard-Jones interactions, a cutoff at 1.4 nm was applied, while electrostatic interactions were treated with the particle mesh Ewald (PME) method and a realspace cutoff of 0.9 nm. A larger than usual Lennard-Jones cutoff was used in order to increase the accuracy of the van der Waals interactions. Electrostatic interactions were treated with the PME method, which does not introduce artificial ordering like cutoff methods. The real-space cutoff of 0.9 nm used with the PME method is merely a numerical device in order to separate the direct- and reciprocal-space sums. Long-range dispersion corrections for energy and pressure were applied. 通過上述內(nèi)容，在mdp文件中如何具體的設(shè)置呢？ 從這個(gè)問題中發(fā)現(xiàn)，在使用PME 時(shí)對(duì)于 rlist， rcoulomb， fourierspacing 的設(shè)定很困惑，希望高手可以解答一下！ 有相同問題的，可以一起討論一下！ |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 gromacs |
» 猜你喜歡
315分 085602 求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
求調(diào)劑，一志愿鄭州大學(xué)材料與化工專碩，英二數(shù)二342分，求老師收留
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
285求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
324求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
一志愿華南師范大學(xué)-22408計(jì)算機(jī)-292分-求華南師范大學(xué)調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
材料調(diào)劑
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
321求調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
調(diào)劑求助
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
22408 266求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
266分，一志愿電氣工程，本科材料，求材料專業(yè)調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- 用gromacs做分子動(dòng)力學(xué)模擬，如何把底物分子固定住啊
已經(jīng)有4人回復(fù)
- NAMD軟件在代碼層面上是如何計(jì)算蛋白質(zhì)勢(shì)能的？
已經(jīng)有8人回復(fù)
- gromacs中MM-GBSA計(jì)算
已經(jīng)有7人回復(fù)
- gromacs中如何使用Buckingham勢(shì)能參數(shù)
已經(jīng)有13人回復(fù)
- 求助：Gromacs的g_energy另外一種用法 的具體步驟
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 【求助】用NAMD 做NPT模擬遇到下面的問題
已經(jīng)有10人回復(fù)
ruthxu
金蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 2 (幼兒園)
- 金幣: 1109.2
- 散金: 62
- 紅花: 2
- 帖子: 319
- 在線: 138小時(shí)
- 蟲號(hào): 1159022
- 注冊(cè): 2010-11-30
- 性別: MM
- 專業(yè): 高分子科學(xué)
6樓2011-07-17 09:53:03
fcenf
木蟲 (初入文壇)
- 模擬EPI: 1
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 3032.2
- 紅花: 1
- 帖子: 29
- 在線: 93.7小時(shí)
- 蟲號(hào): 740553
- 注冊(cè): 2009-04-05
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ruthxu(金幣+10): 很感謝！ 我的設(shè)定也是這樣的，可師兄認(rèn)為 rlist=rcoulom=rvdw=1.4 而fourierspacing=0.9，我覺得不對(duì)可又講不出哪里不對(duì)。 2011-07-15 08:17:42
zh1987hs(金幣+5): 謝謝 2011-07-15 22:56:37
zh1987hs(金幣+5): 謝謝 2011-07-15 22:57:06
ruthxu(金幣+10): 很感謝！ 我的設(shè)定也是這樣的，可師兄認(rèn)為 rlist=rcoulom=rvdw=1.4 而fourierspacing=0.9，我覺得不對(duì)可又講不出哪里不對(duì)。 2011-07-15 08:17:42
zh1987hs(金幣+5): 謝謝 2011-07-15 22:56:37
zh1987hs(金幣+5): 謝謝 2011-07-15 22:57:06
|
按文獻(xiàn)里說的，我感覺mdp文件應(yīng)該是這樣吧。 rlist=0.9 vdwtype=cut-off rvdw=1.4 DispCorr=EnerPres coulombtype=PME rcoulomb=0.9 對(duì)于PME方法，應(yīng)該rlist=rcoulomb。在可選的范圍內(nèi)，rlist越大，計(jì)算結(jié)果越精確，但過大的rlist值會(huì)影響計(jì)算效率的。主要看你的體系總體勢(shì)能函數(shù)隨距離變化的衰減速度，衰減快可以取小些，衰減慢就要適當(dāng)取大些。 至于fourierspacing，我也說不太好，一般情況下用默認(rèn)值。感覺其他條件不變，fourierspacing越小，PME方法的結(jié)果應(yīng)該越精確，但過小就會(huì)影響計(jì)算的效率。0.1～0.12的設(shè)定應(yīng)該是可以接受的。另為，手冊(cè)上說同時(shí)增大或減小rcoulomb和fourierspacing，靜電勢(shì)的計(jì)算精度不變的。 |
2樓2011-07-15 00:42:32
fcenf
木蟲 (初入文壇)
- 模擬EPI: 1
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 3032.2
- 紅花: 1
- 帖子: 29
- 在線: 93.7小時(shí)
- 蟲號(hào): 740553
- 注冊(cè): 2009-04-05
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
3樓2011-07-15 00:54:17
ruthxu
金蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 2 (幼兒園)
- 金幣: 1109.2
- 散金: 62
- 紅花: 2
- 帖子: 319
- 在線: 138小時(shí)
- 蟲號(hào): 1159022
- 注冊(cè): 2010-11-30
- 性別: MM
- 專業(yè): 高分子科學(xué)
4樓2011-07-15 08:21:19
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 348求調(diào)劑 +11 | zzzzyk123 2026-04-01 | 11/550 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 283分材料與化工求調(diào)劑 +12 | 羅KAKA 2026-04-02 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 310求調(diào)劑 +17 | 爭(zhēng)取九點(diǎn)睡 2026-03-30 | 17/850 |
|
|
|
[考研] 298求調(diào)劑 +3 | zzz，，r 2026-04-02 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 282求調(diào)劑 +13 | 呼吸都是減肥 2026-04-01 | 13/650 |
|
|
[考研] 261求B區(qū)調(diào)劑 +5 | 明仔· 2026-04-01 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑，一志愿 南京航空航天大學(xué) ，080500材料科學(xué)與工程學(xué)碩，總分289分 +11 | @taotao 2026-03-29 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 354求調(diào)劑 +4 | lxb598 2026-03-31 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 285求調(diào)劑 +11 | AZMK 2026-04-01 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑推薦 材料 304 +21 | 荷包蛋hyj 2026-03-26 | 21/1050 |
|
|
|
[考研] 材料調(diào)劑 +14 | 一樣YWY 2026-04-01 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 311（085601）求調(diào)劑 +12 | liziyeyeye 2026-03-28 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 材料工程085601數(shù)二英一335求調(diào)劑 +5 | 雙馬尾痞老板2 2026-03-31 | 5/250 |
|
|
|
[基金申請(qǐng)] 面上5B能上會(huì)嗎？ +8 | redcom 2026-03-29 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 353求調(diào)劑 +3 | 江上楓_26 2026-03-28 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 哈爾濱工業(yè)大學(xué)材料與化工專碩378求調(diào)劑 +3 | 塔比烏斯 2026-03-30 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0703 化學(xué) 求調(diào)劑，一志愿山東大學(xué) 342 分 +7 | Shern—- 2026-03-28 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 081200-11408-276學(xué)碩求調(diào)劑 +6 | 崔wj 2026-03-26 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 272求調(diào)劑 +7 | 腳滑的守法公民 2026-03-27 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 315調(diào)劑 +4 | 0860求調(diào)劑 2026-03-26 | 5/250 |
|