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ruthxu金蟲 (正式寫手)
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[求助]
Gromacs 中 PME 的用法
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在看文獻時，有一段關于cutoff的設定的內(nèi)容，如下： For Lennard-Jones interactions, a cutoff at 1.4 nm was applied, while electrostatic interactions were treated with the particle mesh Ewald (PME) method and a realspace cutoff of 0.9 nm. A larger than usual Lennard-Jones cutoff was used in order to increase the accuracy of the van der Waals interactions. Electrostatic interactions were treated with the PME method, which does not introduce artificial ordering like cutoff methods. The real-space cutoff of 0.9 nm used with the PME method is merely a numerical device in order to separate the direct- and reciprocal-space sums. Long-range dispersion corrections for energy and pressure were applied. 通過上述內(nèi)容，在mdp文件中如何具體的設置呢？ 從這個問題中發(fā)現(xiàn)，在使用PME 時對于 rlist， rcoulomb， fourierspacing 的設定很困惑，希望高手可以解答一下！ 有相同問題的，可以一起討論一下！ |
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5樓2011-07-15 16:36:30
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【答案】應助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ruthxu(金幣+10): 很感謝！ 我的設定也是這樣的，可師兄認為 rlist=rcoulom=rvdw=1.4 而fourierspacing=0.9，我覺得不對可又講不出哪里不對。 2011-07-15 08:17:42
zh1987hs(金幣+5): 謝謝 2011-07-15 22:56:37
zh1987hs(金幣+5): 謝謝 2011-07-15 22:57:06
ruthxu(金幣+10): 很感謝！ 我的設定也是這樣的，可師兄認為 rlist=rcoulom=rvdw=1.4 而fourierspacing=0.9，我覺得不對可又講不出哪里不對。 2011-07-15 08:17:42
zh1987hs(金幣+5): 謝謝 2011-07-15 22:56:37
zh1987hs(金幣+5): 謝謝 2011-07-15 22:57:06
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按文獻里說的，我感覺mdp文件應該是這樣吧。 rlist=0.9 vdwtype=cut-off rvdw=1.4 DispCorr=EnerPres coulombtype=PME rcoulomb=0.9 對于PME方法，應該rlist=rcoulomb。在可選的范圍內(nèi)，rlist越大，計算結(jié)果越精確，但過大的rlist值會影響計算效率的。主要看你的體系總體勢能函數(shù)隨距離變化的衰減速度，衰減快可以取小些，衰減慢就要適當取大些。 至于fourierspacing，我也說不太好，一般情況下用默認值。感覺其他條件不變，fourierspacing越小，PME方法的結(jié)果應該越精確，但過小就會影響計算的效率。0.1～0.12的設定應該是可以接受的。另為，手冊上說同時增大或減小rcoulomb和fourierspacing，靜電勢的計算精度不變的。 |
2樓2011-07-15 00:42:32
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4樓2011-07-15 08:21:19
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