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yjr鐵桿木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[資源]
gromacs 4.5.4并行安裝
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第一步：我的linux用戶(hù)名是yangjr 準(zhǔn)備fftw-3.1.2.tar.gz、gromacs-4.5.4.tar.gz、lam-7.1.3.tar.gz tar –zxvf fftw-3.1.2.tar.gz tar –zxvf gromacs-4.5.4.tar.gz tar –zxvf lam-7.1.3.tar.gz 第二步： 進(jìn)入cd fftw-3.1.2 ./configure --enable-float --enable-mpi --prefix=/home/yangjr/fftw make make install make distclean ./configure --disable-float --enable-mpi --prefix=/home/yangjr/fftw 在用戶(hù)賬戶(hù)下設(shè)置環(huán)境變量vi .bashrc export CPPFLAGS=-I/home/yangjr/fftw/include export LDFLAGS=-L/home/yangjr/fftw/lib LIBS=-lmpich MPICC=cc 第三步： 進(jìn)入 cd lam-7.1.3 ./configure --prefix=/home/yangjr/lam --without-fc make make install 在用戶(hù)賬戶(hù)下設(shè)置環(huán)境變量 vi .bashrc export PATH=$PATH:/home/yangjr/lam/bin 第四步： cd gromacs-4.5.4 ./configure --prefix=/home/yangjr/gromacs --enable-mpi --program-suffix=_mpi --disable-shared make make install 在用戶(hù)賬戶(hù)下設(shè)置環(huán)境變量 vi .bashrc export PATH=$PATH:/home/yangjr/gromacs/bin source /home/yangjr/gromacs/bin/GMXRC 最后測(cè)試：source .bashrc lamboot 出現(xiàn)：LAM 7.1.3/MPI 2 C++/ROMIO - Indiana University說(shuō)明lam裝成功了，祝賀！ mpirun 出現(xiàn)：Synopsis: mpirun [options] mpirun [options] mdrun_mpi 出現(xiàn)："Would You Like to Be the Monster Tonight ?" (Captain Beefheart) OK！都成功就可以計(jì)算了 Gromacs計(jì)算：grompp后，mpirun –np N mdrun_mpi ……. 感謝師兄的幫助及網(wǎng)友��！ |
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2樓2011-08-25 22:14:53
3樓2011-08-28 23:00:55
leirongjian
鐵桿木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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4樓2011-10-08 15:16:20
zhangchen0
銀蟲(chóng) (初入文壇)
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5樓2012-02-13 10:41:19
yjr
鐵桿木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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6樓2012-02-13 13:37:15
cuiyoutian88
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7樓2012-02-15 19:41:42
yjr
鐵桿木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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8樓2012-02-16 08:18:30
abigrabbit
金蟲(chóng) (初入文壇)
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9樓2012-10-16 13:57:23
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