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gromacs 4.5.4并行安裝
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第一步：我的linux用戶名是yangjr 準(zhǔn)備fftw-3.1.2.tar.gz、gromacs-4.5.4.tar.gz、lam-7.1.3.tar.gz tar –zxvf fftw-3.1.2.tar.gz tar –zxvf gromacs-4.5.4.tar.gz tar –zxvf lam-7.1.3.tar.gz 第二步： 進(jìn)入cd fftw-3.1.2 ./configure --enable-float --enable-mpi --prefix=/home/yangjr/fftw make make install make distclean ./configure --disable-float --enable-mpi --prefix=/home/yangjr/fftw 在用戶賬戶下設(shè)置環(huán)境變量vi .bashrc export CPPFLAGS=-I/home/yangjr/fftw/include export LDFLAGS=-L/home/yangjr/fftw/lib LIBS=-lmpich MPICC=cc 第三步： 進(jìn)入 cd lam-7.1.3 ./configure --prefix=/home/yangjr/lam --without-fc make make install 在用戶賬戶下設(shè)置環(huán)境變量 vi .bashrc export PATH=$PATH:/home/yangjr/lam/bin 第四步： cd gromacs-4.5.4 ./configure --prefix=/home/yangjr/gromacs --enable-mpi --program-suffix=_mpi --disable-shared make make install 在用戶賬戶下設(shè)置環(huán)境變量 vi .bashrc export PATH=$PATH:/home/yangjr/gromacs/bin source /home/yangjr/gromacs/bin/GMXRC 最后測試：source .bashrc lamboot 出現(xiàn)：LAM 7.1.3/MPI 2 C++/ROMIO - Indiana University說明lam裝成功了，祝賀！ mpirun 出現(xiàn)：Synopsis: mpirun [options] mpirun [options] mdrun_mpi 出現(xiàn)："Would You Like to Be the Monster Tonight ?" (Captain Beefheart) OK！都成功就可以計算了 Gromacs計算：grompp后，mpirun –np N mdrun_mpi ……. 感謝師兄的幫助及網(wǎng)友��！ |
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